1、肌肉中有抗原呈遞細胞（APCs），它們是觸發免疫反應所必需的。它被輸送到免疫系統，在那里被處理并輸送到淋巴結，在那里它是高效的。當下一個真正的病原體侵入人體時，相關抗體可以幫助免疫系統對抗病原體，預防疾病的發生。
2、當疫苗靜脈注射時，少量的這些細胞會在疫苗被B淋巴細胞識別并產生抗體之前將其去除。這樣，疫苗產生的免疫應答將大大降低，疫苗的實用價值將大大受損。另外，疫苗在肌肉方面也有優勢，就是副作用少。
3、肌肉注射不僅僅是任何肌肉，注射部位的解剖結構也會影響疫苗的效果。臀部脂肪組織較多，血液循環會較差，影響疫苗的吸收和免疫效果，所以疫苗不會打在臀部。