結合疫苗
利用細菌表面多糖結構，有時這些結構對免疫系統的辨識上效果不佳，借由將這層結構連結上許多特殊物質，例如特殊結構的蛋白質、毒素或糖類，可以增進免疫系統的判斷力，這種方式已成功用在B型流感嗜血桿菌疫苗。
基因重組載體疫苗
以微生物的生理運作為基礎，配合其他物種微生物的DNA，這種方式研發出的疫苗，可能對感染過程復雜的疾病有所幫助。例如將細菌的DNA切成片段，組合至酵母菌的染色體中，利用酵母菌制作該片段之細菌蛋白質作為疫苗，可免除致病細菌對人體的實質傷害，達到免疫效果。
DNA疫苗
對目標細胞，借由改造過的病毒或細菌感染，以插入基因或調節基因表現（gene expression）的手法，引起免疫系統的活化，若這些細胞因此在表面呈現異于接種者本身的物質，將會被免疫系統辨識后受到攻擊，盡管此項技術仍在試驗中，卻有可能成為未來治療癌癥、遺傳疾病的重要療法。