1、新生兒乙肝病毒攜帶者的發生一般與母嬰垂直傳播有關。母親對子女的垂直傳播是出生后乙肝病毒攜帶者最主要的感染來源。在沒有預防措施的情況下，乙肝表面抗原、乙肝e抗原雙陽性的母親，引起母嬰乙肝病毒傳播率幾乎是100%。嬰兒對大量入侵的乙肝病毒感染缺乏免疫清除能力，呈現“免疫耐受狀態”。入侵乙肝病毒的脫氧核糖核酸可與嬰兒肝細胞的染色體基因組合，利用嬰兒肝細胞復制繁殖，并逃避機體免疫系統的攻擊，從而表現為長期乙肝病毒攜帶狀態而并不出現癥狀。
2、嬰幼兒的乙肝病毒攜帶者，主要是通過水平感染，例如輸血、預防接種、與HBV感染者密切接觸等。也有些3歲以內嬰幼兒，因自身免疫系統功能尚處于未成熟階段，會感染HBV，成為乙肝病毒持續攜帶。嬰幼兒期在易感的環境中比成人的感染并攜帶的機率約高8倍。