主要原因是操作不規范，化學性損傷，細菌性（包括衣原體）感染，病毒性感染.化學性結膜炎一般繼發于為預防眼病滴入硝酸銀的刺激；衣原體性眼炎是由分娩過程中獲得的沙眼衣原體引起.2%~4%的活產嬰兒發病，占<4周新生兒結膜炎的30%~50%.母親流行性衣原體感染率為2%~20%，這些母親的新生兒約有30%~40%發生結膜炎，10%~20%發生肺炎；其他細菌感染，包括肺炎鏈球菌和非典型性流感嗜血桿菌引起的占新生兒結膜炎的15%.在美國，淋球菌性新生兒結膜炎（由于淋球菌引起的新生兒結膜炎）的發病率為活產嬰兒的2/10000~3/10000，分離得到的細菌除了流感嗜血桿菌和淋球菌外，還包括金黃色葡萄球菌，常常代表定植而不是感染；引起新生兒結膜炎的病毒主要有單純皰疹病毒Ⅰ型和Ⅱ型（皰疹性角膜炎）.