根據梗阻發生的原因，可以分為機械性腸梗阻和麻痹性腸梗阻兩類。前者臨床最常見。
1. 消化道畸形
胚胎發育階段發育不全導致新生兒消化道畸形可造成機械性腸梗阻，如先天性腸閉鎖、先天性腸狹窄、十二指腸閉鎖、先天性巨結腸、先天性腸旋轉不良、腸粘連等。
2.動力性腸梗阻
新生兒還可因腸管神經功能異常引起腸管蠕動功能紊亂，產生動力性腸梗阻。梗阻可發生在腸管的任何部位，可由于腸腔病變，如腸管里的糞塊堵塞；腸壁本身病變如腸壁發炎、水腫導致狹窄、腸壁腫瘤、腸管套疊或腸管外的因素等。
