慢性細菌感染
多次糞便常規及培養有陽性發現，以及充分有效地抗生素系統性治療，癥狀改善明顯，可明確診斷。
慢性阿米巴痢疾
多次大便找阿米巴及甲硝唑試驗治療可明確診斷。
血吸蟲感染
血吸蟲疫區病人可作乙狀鏡檢查，取直腸黏膜找血吸蟲卵，或用糞便孵化法和其他方法加以鑒別。
吸收不良綜合征
有腹瀉，但大便中常有脂肪和未消化食物。
腸腫瘤
小腸的良性小腫瘤可發生腹瀉和間歇性發作的部分腸梗阻。結腸腫瘤也可以出現類似腸道功能性疾病的癥狀。特別是對老年人應注意。可進行X線鋇劑造影檢查或結腸鏡檢查以明確診斷。
潰瘍性結腸炎
有發熱、膿血便等異常表現。經X線鋇劑造影或結腸鏡檢查可以鑒別。
克羅恩病
常有發熱、貧血、虛弱等全身癥狀。X線鋇劑造影或結腸鏡檢查即可鑒別。
乳糖酶缺乏
乳糖耐量試驗可以鑒別。乳糖酶缺乏有先天和后天之分。臨床表現為吃乳制品后有嚴重的腹瀉，大便含有大量泡沫和乳糖、乳酸。食物中去掉牛奶或奶制品，癥狀即可改善。酸牛奶經乳酸菌將乳糖分解，可供這類病人食用。
胃腸道內分泌腫瘤
促胃液素瘤可出現嚴重的腹瀉和頑固的潰瘍病，血清促胃液素水平極高，一般治療無效。血管活性腸肽瘤（Vipoma）也引起嚴重腹瀉；血清VIP水平增高。
甲狀腺疾病
甲狀腺功能亢進可出現腹瀉。甲狀旁腺功能亢進可出現便秘。可作甲狀腺、甲狀旁腺功能檢查以進行鑒別。