被冠以“人造生命之父”的克雷格·文特,只是認為其團隊成功改造了新種類的細胞而已。
15年來,克雷格·文特爾(J. Craig Venter)博士一直追逐著一個夢想:從零開始構建出一個基因組,然后用它創造合成生命。現在,他和Craig Venter研究所(JCVI)的成員們終于讓夢想成為現實。文特爾博士的研究團隊在最新一期的《科學快訊》(《Science Express》)上發表了他們的研究論文,詳細介紹了怎么制造出一條細菌染色體,然后把這條染色體移植到一個細菌體內以取代它原有的DNA(脫氧核糖核酸)。在這個合成基因組的驅動下,這個微生物細胞開始自我復制,并制造出一種全新的蛋白質。
科學雜志《人造生命》(《Artificial Life》)主編以及里德學院的哲學教授馬克·貝道(Mark Bedau)說,“這是生物學和生物科技歷史上的決定性時刻。”約翰霍普金斯大學醫學院的酵母菌生物學家杰夫·博伊科(Jef Boeke)也認為它代表了合成基因組學這一新領域的重要技術里程碑。
文特爾博士的團隊創造的合成基因組和自然細菌體內的基因組幾乎完全一致。而這個基因組也稱得上是造價不菲,前后耗資將近四千萬美元,花了20名研究人員超過十年的時間。盡管如此,制造能生產燃料或者藥品的更加復雜的基因組,并讓它像在單細胞中一樣自我繁殖仍然是個不可企及的計劃。要想從頭開始組合,配對和設計一個生物體的基因組,基因工程師要做的事情還多得很。
合成細菌的想法源于文特爾博士、JCVI成員克萊德·哈奇森(Clyde Hutchison III)和漢密爾頓·史密斯(Hamilton Smith)負責的一個項目:確定微生物所必須的最少基因導向,在此基礎上,增加能夠促使一個細菌轉變成可供人類利用的化合物的基因。1995年,這三人領導的一個研究小組對生殖支原體(Mycoplasma genitalium,一種細菌)染色體的60萬個堿基完成了基因排序。這是自由生存有機體中最小數量的基因組。這種微生物含有500種左右的基因,研究人員發現,刪掉其中的100種基因并不會帶來任何不良影響。
要證明實驗暗示的最小基因組,就必須完成這兩個步驟:合成一整條的細菌染色體,然后將其植入一個受體細胞內。但制造和控制整條染色體的技術當時還未出現。直到2007年,文特爾、史密斯和哈奇森才最終實現把自然染色體從一個微生物移植到另外一個微生物體內。一年之后,他們又成功制造出一條人造染色體。這條染色體和生殖支原體染色體相稱,但同時又包含“水印”DNA序列,以便于兩者之間的區分。
不過,對這兩個步驟的組合卻陷入僵局。部分原因在于生殖支原體生長過于緩慢,一個單獨實驗就可能耗費上好幾個星期。研究小組中途決定更換微生物,對含有100萬個堿基但生長迅速的絲狀支原體(Mycoplasma mycoides)進行基因排序,并開始制造其染色體的合成復制品。到2009年,實驗顯示他們已經能夠分離出絲狀支原體的染色體,將其放在酵母菌中,修改它的基因組,然后把它移植到山羊支原體(Mycoplasma capricolum)中。他們下一步要做的就是,證明這種細菌DNA的合成復制品也可以達到一樣的效果。
為了打造合成染色體,研究人員開始求購DNA。他們從Blue Heron公司購買了1000多個DNA序列,每個DNA序列含有1080個堿基。每個DNA序列的末端有80個堿基與下一個序列重疊,以方便它們按正確的順序組合在一起。組合好的DNA序列中有四個序列含有獨特的堿基串。這些堿基代碼可以拼出一個電子郵件地址,參與到這個項目中的人的名字,以及一些名言警句。
合成DNA是在酵母菌中逐步完成的,利用的是酵母菌的DNA修復能力。研究人員首先會把短小的基因片段連接成含10000個堿基的長鏈,然后以同樣方式連接成含100000個堿基的DNA序列,最后形成完整的基因組。但當他們最開始把合成基因組植入山羊支原體中后,什么也沒有發生。就像計算機程序員調試出錯軟件一樣,他們對合成DNA和自然DNA的組合進行系統化地移植,3 個月后才最終找到了出錯的一對堿基。
在經過數個月移植試驗失敗之后,有一天研究人員在實驗室的一塊培養板上發現了一群快速生長的藍色細菌菌落。藍色表明細胞使用了新的基因組。收到消息的文特爾博士立刻帶著攝像機趕到實驗室,拍下了這塊培養板。
他們從這個菌落中提取了DNA進行排序,確認了這種細菌含有的是合成基因組,它制造的蛋白質也具有絲狀支原體而非山羊支原體的特征。這個菌落的生長模式也跟絲狀支原體一樣。文特爾說,“我們很明顯地將一種細胞分子改造成了另一種類。”文特爾把這個細胞稱之為“地球上第一個電腦制造的具備自我復制能力的物種。”
范德比爾特大學的分子生物學家安東尼·福斯特(Anthony Forster)承認這是個非常令人驚異的成就。但他強調,這個項目并沒有創造一個真正的合成生命形式,因為基因組是被植入到一個現存的細胞分子中的。波士頓大學(Boston University)的生物工程師吉姆·柯林斯(Jim Collins)也認為,文特爾制造出的實際是一個含有合成的自然基因組(synthesized natural genome)的有機體。而這并不能代表一種新的生命形式。
在許多生物學家看來,文特爾的“合成細胞”只是個驗證項目,用于培育它的實驗室技術將會很快被應用于其它更具商業潛力的細菌種類。事實上,多家公司已經試圖在合成生物學這個新領域發掘商業產品。文特爾博士建立的Syntheric Genomics公司跟Exxon Mobil集團就簽訂了一份價值6億美元的合約,以幫助其制造一種可以將二氧化碳轉化成燃料的藻類。文特爾博士說他已經著手為這項技術申請ZL,盡管現在這種ZL類別會面臨很大的法律挑戰。
標準DNA條形碼憑借通用引物適配性強和測序成本低等優勢,廣泛應用于生物多樣性保護與溯源等領域。針對近緣種、雜交頻繁及近期輻射演化的復雜類群,標準DNA條形碼因序列變異度有限,分辨率不足,難以滿足精準鑒......
美國肯塔基大學馬丁·加頓農業、食品與環境學院團隊利用一頭雌性騾子的DNA,繪制出迄今最完整的馬和驢參考基因組,使科學家能夠進一步解析過去難以測序和組裝的著絲粒、端粒等復雜DNA區域,為研究染色體功能、......
熒光顯微鏡下的SpudCell。圖片來源:物理學家組織網美國明尼蘇達大學研究團隊創建出首個擁有完整生命周期的合成細胞——SpudCell。它完全由非生命化學成分組裝而成,卻能演繹生命最核心的劇情:生長......
在國家自然科學基金項目(批準號:32125009、32430017)等資助下,西安交通大學葉凱團隊在基因組三維結構演化領域取得新進展。研究團隊創建了染色質長距離互作捕捉計算方法和跨物種分析手段,首次勾......
自21世紀初具有里程碑意義的人類基因組解碼工作完成以來,DNA測序技術迎來了爆發式發展。傳統計算機已難以滿足海量的數據與激增的算力需求,這推動人們尋求替代方案。如今,量子計算距離實用又近了一步。科學家......
南亞地區的人們以酸奶、印度奶酪和印度酥油等乳制品為食。現在,這一地區正幫助解開一個長期存在的謎題:人類是如何獲得消化牛奶的能力的。一項針對印度、巴基斯坦和孟加拉國現代及古代人類基因組的研究表明,一種能......
一項發表在最新一期《自然》雜志上的研究,通過對生活在10200至150年前的南非個體基因組進行分析,證實了在南部非洲,一群智人在半隔離的狀態下生活了數十萬年。這是迄今規模最大的對非洲古代DNA的研究,......
? 在美國人類遺傳學會(ASHG)年會上,因美納5堿基解決方案的早期試用客戶——倫敦健康科學中心研究所將展示該技術在加速罕見病病例解析方面的強大潛力。? 因美納專有的5堿基化學技術......
人類基因組中存在大量具有"跳躍"能力的逆轉座子(retrotransposon)序列。在胚胎發育早期、免疫和神經系統等特定階段和環境下,它們會被激活,發揮重要生理功能;在病毒感染、......
橡膠樹是天然橡膠的主要來源。“橡膠樹育種面臨的主要困難在于周期長和效率低,通過常規育種方法將多抗、高產性狀聚合往往需要30~40年。”中國熱帶農業科學院橡膠研究所研究員程漢告訴《中國科學報》。然而,目......