雖然顯微攝影也有“攝影”二字，但其實它與傳統攝影還是有很大的差別。顯微攝影的拍攝光源很獨特，傳統攝影一般是利用自然光源或者人工光源，比如聚光燈、白熾燈等，而顯微鏡在機身內部需要使用激光、汞燈、鹵素燈、LED燈等光源拍攝，對光源的要求更加嚴格。第二個不同是拍攝方法，以往人們在拍照片時，只需按下快門即可成像，而現代的顯微攝影受益于電子感光元件和計算機技術的飛速發展，不是在顯微鏡的機身上控制拍攝，而是通過軟件在電腦上完成拍照過程。
此外，與傳統攝影的光學鏡頭有所不同，顯微攝影的鏡頭是由若干個透鏡組合而成的專業物鏡，可以將被攝物體放大，觀察微觀的對象。除了軟件、硬件上的種種差別外，在作品評判標準方面，顯微攝影也是“獨樹一幟”。現代人拍照時往往追求“完美”，相機自帶的濾鏡功能、后期的修圖軟件輪番上陣，缺一不可。顯微攝影剛好與之相反，追求百分之百的還原真實，不管是被攝物體的形態、數量、還是顏色，都力求“原汁原味”地呈現，過度修飾是作品評判時的致命硬傷。但是，這并不代表顯微攝影作品就不考慮美觀，拍攝者可以通過前期對標本染色來豐富畫面的色彩，在分享微觀世界的同時，將科學與藝術完美結合。