曲霉菌對環境的影響具有復雜性，既包括積極的方面，也存在可能的負面影響。
積極影響
有機物質分解：曲霉菌在自然環境中扮演著重要的分解者角色，能夠分解復雜的有機物如木材、植物殘體等，有助于營養物質的循環和能量流動。
生物多樣性的促進：通過分解作用，曲霉菌幫助釋放營養物質，促進其他生物的生長，增加生態系統的生物多樣性。
有益物質的生產：某些曲霉菌種類能夠產生有益的次生代謝產物，如抗生素等，這些物質可以抑制有害微生物的生長，保持環境平衡。
負面影響
食物和飼料污染：曲霉菌能夠在食物和飼料中產生有毒的次生代謝產物（如黃曲霉素等），這些毒素不僅對人體健康構成威脅，也可能影響家畜的健康。
呼吸道疾病：曲霉菌孢子在空氣中的擴散可能導致敏感人群（如哮喘患者）出現呼吸道過敏反應，甚至引發嚴重的呼吸系統疾病。
生態系統干擾：如果曲霉菌在某些環境中過度繁殖，可能會破壞當地的生態平衡，影響其他生物的生存。
建筑和材料的破壞：曲霉菌還能夠侵入建筑材料內部，如墻壁、家具等，長期滋生可能導致材料的損壞和經濟損失。