最通常的物理圖的構建方法是把限制酶切的DNA片段，按其次序排列連接起來。作圖的技術路線基本上分兩類：一類是由長到短作圖，另一類則是由短到長作圖。
前者是將基因組DNA用切點很少的限制酶如NotI等完全酶切，得到長約100～l000kb的DNA長（大）片段，每條染色體平均切成130個片段，按照片段上的標記把片段按次序排列，然后再把每一長片段酶切成短片段，再把短片段排列成序。這是由長到短的作圖，圖比較完整但分辨率低。
后一類方法則是先將基因組DNA用限制酶作部分酶切，得到的短片段分別用酵母人工染色體（YAC）或粘粒等作載體加以克隆，然后根據克隆片段兩端共有的序列即重疊序列，兩兩連接，逐漸延伸成長片段。這樣作圖分辨率較高，但圖不完整往往留有空缺。這是因為有些酶切產生的DNA片段太短，不易被克隆，以致在通過重疊序列把片段連接時出現中斷。一組相互鄰接的DNA片段的克隆稱為鄰接DNA片段組（contig）。
一個contig通常只有2～6個粘粒克隆，即所含的DNA片段相加只有100～300kb，如除去兩兩片段的重疊序列，則一個contig作圖覆蓋的DNA長度是有限的。要求在5年內做到一個contig能覆蓋2000kb DNA，并帶有幾個標記。