最高600萬／項！基金委發布5項重大研究計劃2023年度項目指南

2023年度國家自然科學基金委員會與美國國家科學基金會

“傳染病的生態學與演進”合作研究與交流項目指南

　　根據國家自然科學基金委員會（NSFC）與美國國家科學基金會（NSF）的雙邊合作協議，以及與英國國家科研與創新署（UKRI）和以色列美以兩國科學基金會（BSF）達成的共識，2023年各方繼續聯合征集合作研究項目和合作交流項目，鼓勵中美、中美英、中美以科學家在“傳染病的生態學與演進（EEID）”領域開展合作研究，并支持中美、中美英科學家與此領域潛在合作伙伴新建合作網絡。

　　一、項目說明

　　本項目包含組織間國際（地區）合作研究項目（簡稱合作研究項目）和國際（地區）合作交流項目（簡稱合作交流項目）。

　　（一）合作研究項目

　　1.資助領域。

　　EEID項目支持對影響傳染病傳播動態的生態、進化、機體和社會規律及過程進行跨學科研究。項目申請應以對病原體傳播動力學的量化、數學或計算分析為主題，建立并測試能夠完整描述傳染病系統的數學或計算模型，發現傳染病傳播規律。具體要求如下：

　　項目應為跨學科研究，聚焦傳染病在宿主（包括但不僅限于人類、非人類動物和/或植物）之間傳播的決定因素和相互關系。如：病原體的傳播；氣候等環境因素的影響；自然宿主的種群動態和遺傳；病原體、病媒或宿主物種生物學的生理或行為如何影響傳播動態；生態傳播與進化動態之間的反饋；病原體傳播的文化、社會、行為和經濟因素等。項目可選取包括植物或動物疾病在內的陸地、淡水或海洋系統和生物體中通過動物、環境、媒介、腸道、呼吸道傳播的病原體，選擇從特定病原體到整體環境系統的任何尺度進行研究。鼓勵研究人員對低、中等收入國家（LMICs）公共衛生關注的疾病體系，以及農業領域關注的疾病體系開展研究。

　　鼓勵研究人員組建多學科團隊，采用“全健康”理念開展相關研究。團隊成員可包括生態學、流行病學、醫學、獸醫學、進化生物學、社會與行為科學、昆蟲學、食品科學、微生物學、病理學、寄生蟲學、地學、海洋學、水文學、數學等領域的研究人員。

　　特別提醒，若申請書中研究內容存在以下問題的，將不予資助：

　　（1）只關注進化變化的遺傳模式（如比較基因組學）；

　　（2）只關注人類疾病本身而不考慮更廣泛的生態環境；

　　（3）只關注病原體發現；

　　（4）只關注宿主體內生物過程的研究；

　　（5）只關注媒介物種生態；

　　（6）只關注抗菌素耐藥性或耐藥基因傳遞而未考慮病原體的傳播動力學，以及

　　（7）未預先確定重點研究的致病微生物。

　　關于資助領域的詳細說明請參見本指南附件1。

　　美國國家科學基金會申請指南詳見：

　　https://www.nsf.gov/pubs/2023/nsf23616/nsf23616.htm

　　2.申請代碼。

　　中方申請人請根據研究內容選擇生命科學部代碼（C0301）或醫學科學部代碼（H3009）作為申請代碼1填寫中文申請書。

　　3.資助規模。

　　本合作研究項目資助規模為2項左右。

　　4.資助強度。

　　中方對獲批準項目的資助強度為直接費用不超過450萬元，其中包括研究經費和用于資助中方研究人員開展交流活動的國際旅費（機票為經濟艙）、國外生活費和其他與交流活動密切相關的費用。美方資助強度為不超過300萬美元/項，其中包括研究經費和用于資助美方研究人員開展交流活動的國際旅費、國外生活費和其他與交流活動密切相關的費用。

　　5. 申報要求。

　　（1）資助期限須為5年，申請書中的研究期限應填寫2025年1月1日—2029年12月31日。

　　（2）國內合作研究單位數量不得超過2個。

　　（3） 各方申請人須分別向所在國科學資助機構（即NSFC、NSF、UKRI、BSF）遞交項目申請。

　　（4）項目申請應體現強強聯合和優勢互補。

　　（5）如果研究內容涉及動植物資源問題，項目申請人或承擔者及依托單位須嚴格遵守國家關于動植物資源保護的有關規定；如涉及人類遺傳資源問題，須嚴格遵守國務院頒布施行的《中華人民共和國人類遺傳資源管理條例》（國令第717號）中的相關規定，在國際合作中做好我國人類遺傳資源管理工作。

　　（二）合作交流項目

　　1.資助領域。

　　作為合作交流項目，EEID研究協調網絡（RCN）項目旨在促進該項目各參與國的研究人員建立新的合作網絡，圍繞構建并實施新合作機制、培訓、擴大參與以及合作技術與數據的應用等問題探索創新思路，進而解決EEID相關的跨學科問題。該項目鼓勵青年學者、博士后、研究生和本科生參與。基于已有合作網絡的申請將不再予以資助。具體資助領域描述請見附件1。

　　美國國家科學基金會申請指南詳見：

　　https://www.nsf.gov/pubs/2023/nsf23616/nsf23616.htm

　　2.申請代碼。

　　中方申請人應根據擬搭建合作網絡的領域選擇生命科學部代碼（C0301）或醫學科學部代碼（H3009）作為申請代碼1填寫中文申請書。

　　3. 資助強度。

　　中方對獲批準項目的資助強度為直接費用不超過100萬元，其中包括用于資助中方研究人員開展交流活動的國際旅費（機票為經濟艙）、國外生活費和其他與交流活動密切相關的費用。美方資助強度為不超過50萬美元/項，其中包括用于資助美方研究人員開展交流活動的國際旅費、國外生活費和其他與交流活動密切相關的費用。

　　4. 申報要求。

　　（1）資助期限須為5年，申請書中的研究期限應填寫2025年1月1日—2029年12月31日。

　　（2）各方申請人須分別向NSFC、NSF和/或UKRI遞交項目申請。

　　二、申請條件

　　（一）合作研究項目申請人應當具備以下條件

　　1. 具有高級專業技術職務（職稱）。

　　2. 作為項目負責人，正在承擔或承擔過3年期及以上國家自然科學基金項目。

　　3. 與國外（地區）合作者具有良好的合作基礎。

　　4. 關于申請資格的詳細說明請見《2023年度國家自然科學基金項目指南》。

　　（二）合作交流項目申請人應當具備以下條件

　　1. 正在承擔2024年12月31日（含）以后結題的3年期及以上國家自然科學基金項目（合作交流項目除外）的項目負責人；或正在承擔2024年12月31日（含）以后結題的3年期及以上國家自然科學基金項目的參與者且具有高級專業技術職務（職稱）或博士學位，或有2名與其研究領域相同、具有高級專業技術職務（職稱）的科學技術人員推薦，并經在研項目負責人同意。

　　2. 中外方申請人應為新建合作關系，旨在為后續開展實質性合作研究打下基礎。

　　3. 關于申請資格的詳細說明請見《2023年度國家自然科學基金項目指南》。

　　三、限項申請規定

　　（一）合作研究項目

　　國家自然科學基金國際（地區）合作研究項目包括組織間國際（地區）合作研究項目和重點國際（地區）合作研究項目。該合作研究項目屬于組織間國際（地區）合作研究項目，申請人申請時須遵循以下限項規定：

　　1.申請人（不含主要參與者）同年只能申請１項國際（地區）合作研究項目。

　　2.正在承擔國際（地區）合作研究項目的負責人，不得作為申請人申請本指南所列合作研究項目。

　　3.作為申請人申請和作為負責人承擔指南所列合作研究項目，計入高級專業技術職務（職稱）人員申請和承擔項目總數合計限2項的范圍（作為主要參與者不限）。

　　4.《2023年度國家自然科學基金項目指南》中關于申請數量的其他限制。

　　（二）合作交流項目

　　1.合作交流項目申請人不受“申請人同年只能申請1項同類型項目”規定的限制。

　　2. 作為申請人申請和作為項目負責人正在承擔的同一組織間協議框架下的國際（地區）合作交流項目，合計限1項。

　　3.申請本指南所列合作交流項目不受申請和承擔項目總數限制。

　　4.《2023年度國家自然科學基金項目指南》中關于申請數量的其他限制。

　　四、申請注意事項

　　（一）申請人注意事項

　　合作研究項目和合作交流項目申請書采取在線方式撰寫，對申請人具體要求如下：

　　1.申請人在填報申請書前，應當認真閱讀本項目指南和《2023年度國家自然科學基金項目指南》中的相關內容，不符合相關要求的項目申請不予受理。

　　2.申請人登錄GRANTS科學基金網絡信息系統（http://grants.nsfc.gov.cn/），按照撰寫提綱及相關要求撰寫《國家自然科學基金國際（地區）合作與交流項目申請書》（以下簡稱“中文申請書”）。具體步驟是：

　　（1）選擇“項目負責人”用戶組登錄系統，進入后點擊“在線申請”進入申請界面；點擊“新增項目申請”按鈕，進入申請項目所屬科學部選擇界面；點擊“申請普通科學部項目”進入項目類別選擇界面。

　　（2）點擊“國際（地區）合作與交流項目”左側+號或者右側“展開”按鈕，展開下拉菜單。

　　（3）合作研究項目的申請人，點擊“組織間合作研究（組織間合作協議項目）”右側的“填寫申請”，進入選擇“合作協議”界面，在下拉菜單中選擇“NSFC-NSF（中美）”，然后按系統要求輸入要依托的基金項目批準號，通過資格認證后即進入具體申請書填寫界面。

　　（4）合作交流項目的申請人，點擊“合作交流（組織間合作協議項目）”右側的“填寫申請”，進入選擇“合作協議”界面，在下拉菜單中選擇“NSFC-NSF（中美）”，然后按系統要求輸入要依托的基金項目批準號，通過資格認證后即進入具體申請書填寫界面。

　　3. 組織間合作研究項目和合作交流項目均實行定額補助的資助方式。申請人應當認真閱讀《2023年度國家自然科學基金項目指南》申請須知中預算編報要求的內容，嚴格按照《國家自然科學基金資助項目資金管理辦法（財教〔2021〕177號）》以及《國家自然科學基金項目資金預算表編制說明》的要求，認真如實編報《國家自然科學基金項目資金預算表》。

　　4. 申請材料要求。申請人完成申請書撰寫后，在線提交電子申請書及附件材料，無需報送紙質申請書。項目獲批準后，將申請書的紙質簽字蓋章頁裝訂在《資助項目計劃書》最后，一并提交。簽字蓋章的信息應與電子申請書保持一致。

　　附件材料包括：

　　（1）美方合作者向NSF提交的英文申請書全文副本。

　　（2）合作意向書。需提供中外各方申請人簽名的合作意向書（意向書范本見附件2）。

　　（3）依托單位關于審核并嚴格遵守人類遺傳資源管理條例的承諾函（如有涉及）。

　　5.中文申請書填寫的本合作研究項目英文名稱須與各方合作者提交的英文項目名稱完全一致。為便于項目管理部門辨識，申請人在填寫合作研究項目中文項目名稱時請使用“EEID:US-China:”、“EEID:US-UK-China:”或“EEID:US-China-Israel:”前綴；填寫合作交流項目中文項目名稱時請使用“EEID RCN: US-China:”或“EEID RCN: US-UK-China:”前綴。

　　6. 在準備申請材料和執行項目過程中，如果研究內容涉及動植物資源問題，項目申請人或承擔者及依托單位須嚴格遵守國家關于動植物資源保護的有關規定；若涉及到人類遺傳資源的問題，須嚴格遵守《中華人民共和國人類遺傳資源管理條例》（國令第717號）的相關規定，在國際合作中做好我國人類遺傳資源管理工作。

　　（二）依托單位注意事項

　　依托單位應對本單位申請人所提交申請材料的真實性、完整性和合規性，申報預算的目標相關性、政策相符性和經濟合理性進行審核。本項目納入無紙化申請范圍。關于單位科研誠信承諾書及項目清單提交等事宜，請參照《關于2023年度國家自然科學基金項目申請與結題等有關事項的通告》執行。

　　（三）項目申請接收

　　科學基金網絡信息系統（GRANTS系統）的在線申報接收期為2023年8月28日至2023年11月16日下午16時，應在規定的項目申請截止日期前提交本單位電子版申請書及附件材料。

　　如遇技術問題，可聯系GRANTS系統技術支持（信息中心），電話：+86-10-62317474。

　　五、項目聯系人

　　（一）中方聯系人

　　雒景瑜、陳婧

　　電話：010-62326479 010-62326877

　　Email: luojy@nsfc.gov.cn

　　（二）美方聯系人

　　Dr. Samuel M. Scheiner

　　電話: +1 (703) 292-7175

　　Email: sscheine@nsf.gov

　　國家自然科學基金委員會

　　國際合作局

　　2023年8月25日

免疫力數字解碼重大研究計劃2023年度項目指南

　　免疫力是人體抵御病原入侵，清除抗原性異物，監控及維系機體健康穩態的綜合能力。免疫系統巨大多樣性和復雜性是免疫力的關鍵基礎，而傳統研究模式未能系統揭示免疫力生成和演變規律。本重大研究計劃旨在多角度闡明免疫力的科學內涵，全景式認知健康及疾病狀況下人體免疫系統的運行機制，基于整體觀念和復雜系統視角，通過融合數學、信息科學、生命科學和醫學等理論與技術，以新研究范式破譯免疫力密碼，促進精準診療，服務于“健康中國”戰略。

　　一、科學目標

　　基于高質量、標準化的免疫力大數據，開展人體免疫力整體性和系統性數字化解析與重構研究，揭示免疫力構成的生物基礎、免疫力維持的關鍵特征和免疫力調控的普適規律，進而闡明免疫力的科學內涵；對免疫力進行定量化表征和數字化呈現，建立人群免疫力特征圖譜，分析免疫力與衰老、疾病等重大生命健康事件的關系并闡釋其內在機制和規律；開發基于免疫力數據的疾病風險預警、免疫力可視化和免疫力年齡測定等關鍵技術，建立個體和群體的免疫力檔案，開展基于免疫力干預的健康維護及疾病防治新策略，形成未病先防、疾病早診、預后評估、個性化醫療和健康管理新模式。

　　二、核心科學問題

　　（一）免疫力復雜系統的物質基礎和動態規律。

　　針對免疫力復雜系統的高度多樣性、時空動態性、多維交互性、自主適應性和模式記憶性等特點，采用動態化、跨尺度、多層次的全景研究新范式，以模型驅動和數據驅動相結合的研究方法，明確免疫力復雜系統的時空動態特征，闡明免疫力的組成要素、內在聯系與變化規律等生物學內涵，揭示免疫力本質規律和深層運行機制。

　　（二）多模態免疫力定量表征及數字呈現。

　　建立不同免疫力表征狀態的人群隊列，獲取并分析免疫分子和細胞的多樣性信息，系統解析在分子、細胞、細胞間關聯、器官、人群等不同尺度的免疫力數據，形成標準化的多維免疫大數據群，對多源、高維、跨尺度的免疫力數據進行耦合、重構與全景化表征，實現免疫力數字化呈現和量化評估，精準刻畫免疫力肖像。

　　（三）基于免疫力解碼的疾病診療與健康評估。

　　闡明重大生命健康事件的免疫力特征及其演變規律，獲取重大疾病在器質性病變前的免疫力信號，設立基于免疫力解碼的疾病分子分型、精準診療與預后評估標準，并整合傳統醫學證候辨識和“治未病”等理念與方法，構建疾病預警系統，及時評估健康狀態并發現疾病早期隱患，為關鍵生命過程的免疫力干預提供理論依據。

　　三、2023年度資助研究方向

　　本重大研究計劃擬聚焦我國高發病/高死亡率惡性腫瘤、自身免疫病等重大疾病以及健康人群，針對不同免疫狀態，獲取高質量、多維度、時空動態的免疫力大數據，建立相關基礎數據設施和關鍵技術群，旨在闡明免疫復雜系統動態協同模式和時空交互規律。本計劃擬設置培育項目和重點支持項目資助相關研究：

　　（一）培育項目。

　　圍繞上述科學問題，以總體科學目標為牽引，立足研究范式創新，對于探索性強、選題新穎、前期研究基礎較好的申請項目，將以培育項目的方式予以資助，具體研究方向如下：

　　1. 健康狀態免疫力特征與變化規律。

　　圍繞不同年齡階段（如嬰幼兒、青春期、成年、老年等），不同健康狀態（如長壽、中醫偏頗體質等），或特殊生活環境的人群，鼓勵采用高通量多組學技術，采集生理狀態下免疫細胞發育與新型細胞亞群、免疫識別與活化、免疫記憶與耗竭、免疫代謝與表觀遺傳等免疫力數據，豐富免疫系統可測量參數，延展免疫力大數據的覆蓋維度，解碼免疫行為并揭示深層規律，建立健康個體的免疫力檔案。從免疫力維度表征機體的健康狀態，實現人體免疫年齡及健康狀態的數字判讀。

　　2. 重大疾病狀態免疫力動態感知機制。

　　針對我國高發病/高死亡率惡性腫瘤和自身免疫病等重大疾病，從分子、細胞、組織、器官、證候等不同尺度，分析疾病發生發展等關鍵環節的免疫特征信息，如免疫微環境、免疫調節與耐受、移植免疫排斥、免疫細胞及其亞群、腫瘤新抗原等，揭示免疫力時空變化與疾病演進過程之間的相關性和因果性，建立微觀免疫力數值與宏觀疾病表征之間的定量映射關系，闡明免疫力在重大疾病時空演變過程中的動態規律和機制。

　　3. 免疫力量化表征及數字化呈現的新理論與新方法。

　　建立從免疫細胞群和免疫分子等免疫載體數據中捕獲用于量化免疫特征信息的新方法，發展諸如可解釋機器學習等先進人工智能技術，對多源、高維、跨尺度的免疫力數據進行耦合重構，開發前沿計算模型和大數據解析算法，提取可以表征免疫力的多維信息，實現免疫力的數字化與全景化呈現。

　　4. 免疫復雜系統的時空動態特征。

　　針對代表性疾病或免疫過程，基于復雜系統的視角，研究免疫力組成元件、關系集合、系統結構等關鍵要素，融合還原論、控制論、系統論等方法，定量研究免疫力的層次性、涌現性、動態穩定性、自主適應性等復雜系統特點，研究這些特點與免疫分子、細胞行為或證候表征等的映射關系，探究免疫復雜系統運行的主要特征、普適規律及深層機制，定量探索免疫力的科學內涵和生物基礎。

　　5. 基于免疫力數字解碼的重大疾病預警。

　　圍繞腫瘤、自身免疫病等重大疾病的“未病”狀態，比對病變前后及健康人群的免疫力大數據，通過免疫檢測新技術（如新組學技術、流式技術及其他可視化技術等）和免疫數據智能化分析新方法，挖掘疾病演進的特異免疫應答模式，鑒定可以表征疾病演進的免疫力信號，構建免疫力維度的疾病預警模型并驗證其敏感性和特異性，從免疫力視角發現重大疾病的早期關鍵特征，實現重大疾病的早期精準診斷。

　　（二）重點支持項目。

　　圍繞核心科學問題，以總體科學目標為牽引，立足研究范式創新，對于前期研究基礎積累較好，特別是與本重大研究計劃其它申請項目能夠形成學科交叉、優勢互補且共同對總體科學目標形成重要貢獻的申請項目，將以重點支持項目的方式予以資助，具體研究方向如下：

　　1. 免疫力大數據的標準化獲取與深度挖掘。

　　建立不同免疫狀態如健康群體、自身免疫病（如系統性紅斑狼瘡、類風濕關節炎等高發病率類型）、惡性腫瘤（如肺癌、肝癌、結腸癌、胰腺癌等高發病/高致死腫瘤）等中國人群大樣本隊列，獲取疾病不同階段（如發生、發展、治療前后等）的標準化數據，完善免疫力多維大數據收集的標準與規范，研發多尺度免疫力數據融合與分析的新方法，發現疾病發生發展等過程中的免疫力特征。

　　2. 免疫組庫等多樣性特征的數字化呈現。

　　建立TCR、BCR和MHC等免疫多樣性大數據捕獲新方法（如重輕鏈全長獲取和功能性配對等），發展免疫組庫大數據的編碼規律深度挖掘、疾病關鍵特征提取、高維特征信息數據降維和多樣性分子功能聚類等關鍵核心技術，基于多樣性免疫特征量化表征人體免疫力水平，揭示免疫力多樣性特征與疾病和健康的內在關聯，刻畫群體和個體免疫力數字肖像和時空圖譜，從免疫組庫視角揭示人體免疫力多樣性的動態變化規律。

　　3. 跨尺度免疫力大數據資源平臺及關鍵技術。

　　建立大規模人群隊列免疫力數據管理的標準規范和共享機制，研發免疫力跨尺度、多源、多粒度大數據（不少于3種數據類型）匯交存儲、審編處理和安全管理的關鍵技術，構建我國免疫力大數據資源創新平臺（具備PB級能力），保障數據分級分類管理和安全共享利用，實現免疫力數字解碼項目數據資源基礎設施平臺的高質量建設。

　　4. 跨尺度免疫力大數據耦合與中國人群群體免疫力特征解析。

　　系統整合多中心多來源的數據，開展多尺度免疫力大數據耦合、分析等新方法研究，為多中心多來源的數據提供生信分析與驗證等支撐；基于免疫系統的復雜多樣性和免疫力的科學內涵，構建系統表征免疫力特征和規律的數學模型，實現免疫力的整體量化和全景化展示；提取能夠表征群體免疫力的關鍵微觀免疫數據和宏觀人群特征，發展機器學習、神經網絡等人工智能算法，研究不同種族、年齡、性別和體質等群體的免疫力多樣性和差異性，創建中國人群免疫力特征圖譜，開展基于免疫力干預的健康維護及疾病防治新策略及新措施研究，實現群體層面免疫力的健康監測與干預。

　　四、2023年度資助計劃

　　2023年度擬資助培育項目20～25項，資助直接費用資助強度約為80萬元/項，資助期限為3年，培育項目申請書中研究期限應填寫“2024年1月1日 -2026年12月31日”；擬資助重點支持項目6～8項，資助直接費用資助強度約為300萬元/項，資助期限為4年，重點支持項目申請書中研究期限應填寫“2024年1月1日 -2027年12月31日”。

　　五、申請要求及注意事項

　　（一）申請條件。

　　本重大研究計劃項目申請人應當具備以下條件：

　　1. 具有承擔基礎研究課題的經歷；

　　2. 具有高級專業技術職務（職稱）。

　　在站博士后研究人員、正在攻讀研究生學位以及無工作單位或者所在單位不是依托單位的人員不得作為申請人進行申請。

　　（二）限項申請規定。

　　執行《2023年度國家自然科學基金項目指南》“申請規定”中限項申請規定的相關要求。

　　（三）申請程序。

　　1. 申請人應根據本重大研究計劃擬解決的核心科學問題和項目指南公布的擬資助研究方向，自行擬定項目名稱、科學目標、研究內容、技術路線和直接費用等。

　　2. 本重大研究計劃項目實行無紙化申請，申請人應當按照科學基金網絡信息系統中重大研究計劃項目的填報說明與撰寫提綱要求在線填寫和提交電子申請書及附件材料。申請書提交日期為2023年9月27日 -10月9日16時。

　　3. 申請書中的資助類別選擇“重大研究計劃”，亞類說明選擇“培育項目”或“重點支持項目”，附注說明選擇“免疫力數字解碼”，受理代碼選擇T03，根據申請的具體研究內容選擇不超過5個申請代碼。

　　培育項目和重點支持項目的合作研究單位不得超過2個。

　　4. 申請人在“立項依據與研究內容”部分，首先明確申請對應本項目指南中的資助研究方向，以及對解決本重大研究計劃核心科學問題、實現本重大研究計劃科學目標的貢獻。

　　如果申請人已經承擔與本重大研究計劃相關的其他科技計劃項目，應當在申請書正文的“研究基礎與工作條件”部分論述申請項目與其他相關項目的區別與聯系。

　　（四）申請注意事項。

　　申請人和依托單位應當認真閱讀并執行本項目指南、《2023年度國家自然科學基金項目指南》和《關于2023年度國家自然科學基金項目申請與結題等有關事項的通告》中相關要求。

　　1. 依托單位應當按照要求完成依托單位承諾、組織申請以及審核申請材料等工作。在2023年10月9日16時前通過信息系統逐項確認提交本單位電子申請書及附件材料，并于10月10日16時前在線提交本單位項目申請清單。

　　2. 為實現重大研究計劃總體科學目標和多學科集成，獲得資助的項目負責人應當承諾遵守相關數據和資料管理與共享的規定（數據標準詳見附件），項目執行過程中應關注與本重大研究計劃其他項目之間的相互支撐關系。

　　3. 為加強項目的學術交流，促進項目群的形成和多學科交叉與集成，本重大研究計劃將每年舉辦一次資助項目的年度學術交流會，并將不定期地組織相關領域的學術研討會。獲資助項目負責人須參加本重大研究計劃指導專家組和管理工作組所組織的上述學術交流活動。

　　（五）咨詢方式。

　　國家自然科學基金委員會交叉科學部三處

　　聯系電話：010-62327096

　　附件

數據標準

　　所有產生的隊列數據須有完備的個體臨床信息及匹配的高通量組學數據。個體臨床信息包括個體健康體檢信息和疾病診斷、治療、預后和隨訪等；高通量組學測序數據細分為基礎型數據與拓展型數據。項目負責人必須提供所有樣本的基礎型數據，鼓勵項目負責人根據實際情況使用創新免疫特征檢測技術產生拓展型數據，進而從更多維度表征免疫力狀態。項目申請書須描述樣本數量及年度數據產生及提交計劃，基礎型數據及拓展型數據的樣本數量與數據類型覆蓋范圍將被納入評審和考核標準。

　　一、樣本收集要求

　　腫瘤樣本須有腫瘤組織、癌旁組織和血液樣本。樣本須有準確的病理信息，包括診斷、治療、預后和隨訪等信息，要配備病理切片H&E染色結果，須用新鮮的組織提取細胞進行建庫。樣本須有冷凍的組織，若有剩余樣本，須冷凍保存以供后期實驗驗證。其他疾病如自身免疫病等疾病樣本根據疾病特點和檢測手段取樣，具體要求可參考腫瘤樣本。要求如下：

　　1. 樣本采集標準

　　1.1 組織標本：組織標本應盡量去除壞死組織、血漬污物等可能影響檢測結果的成分，根據不同的研究目的進行OCT包埋、福爾馬林固定、液氮速凍、組織解離等初步處理，以上步驟應在標本離體60分鐘內完成。腫瘤標本應包括無壞死的腫瘤組織和癌旁組織，其他類型組織標本如淋巴結須選取有代表性的病變組織區域，組織標本的質量須至少滿足基礎型數據的實驗需求；

　　1.2 外周血樣本：按照不同的實驗要求抽取相應量的外周靜脈血標本，采集量須滿足基礎型數據實驗需求。依據實驗需要對樣本進行離心、凍存等處理，血漿或血清的提取須在30分鐘內完成，-80℃保存。其他相應操作如免疫細胞分選等應在抽取后12小時內完成。

　　2. 樣本的質量控制

　　2.1 腫瘤組織：腫瘤組織質量不低于0.5克，腫瘤樣品純度（腫瘤細胞核占比）不低于60%，腫瘤組織壞死率小于20%。全血樣本體積大于5毫升。腫瘤組織須有病理切片以準確判斷腫瘤組織和癌旁組織類型和組織學特征。其他組織要求參考腫瘤組織的質量控制標準；

　　2.2 血液樣本：須無凝血和溶血等情況，如進行免疫細胞分選，每例分離出的PBMC數量應大于8×106，T細胞數量大于3×106，B細胞數量大于1×106，細胞存活率大于95%。

　　3. 樣本的運輸：使用冰袋、干冰或者液氮進行組織樣本及外周血標本的運輸。

　　4. 樣品的保存：凍存于-80℃冰箱或者液氮中，須分裝保存，不得凍融超過一次。

　　5. 樣本必須注明詳細的臨床病理信息，具體要求如下：

　　5.1受試者的可追溯唯一ID（如身份證號、住院號等）；

　　5.2 受試者的病理診斷、診斷時間、病理類型、病理分期（如TNM分期）、病理切片編號；

　　5.3 樣本采集時間地點、樣本采集方式（活檢/手術切除等）、樣本保存方式（冷凍組織、冰凍切片、石蠟切片等）、樣本量（克、毫升）、樣本純度（腫瘤細胞核占比等）、組織壞死率；

　　5.4組織樣本及血液樣本所作檢測名稱、檢測技術路徑、質控報告（如有）。

　　二、臨床信息數據類型

　　1.健康群體：可追溯唯一識別ID、性別、年齡、人種、民族、地區、血型、身高、體重、預防接種史、過敏史、惡性腫瘤家族史、免疫疾病家族史、感染疾病史、手術史、用藥史、吸煙史、飲酒史等臨床數據。

　　2.自身免疫性疾病及惡性腫瘤：除覆蓋健康群體應收集的資料外，還應包括但不限于：實驗室檢查（初次診斷時）、影像學檢查、病理檢查、病理報告、治療情況和預后情況等。

　　三、高通量組學數據類型

　　1.基礎型數據

　　1.1外周血：

　　TCR-Seq、BCR-Seq、單細胞多組學檢測技術（scRNA-seq、scATAC-seq、scTCR-seq、scBCR-seq）

　　1.2 組織樣本：

　　TCR-Seq、BCR-Seq、WES（包括組織樣本和對應個體外周血）、RNA-Seq、單細胞多組學檢測技術（scRNA-seq、scATAC-seq、scTCR-seq、scBCR-seq）

　　2. 拓展型數據

　　具體包括但不限于：質譜流式細胞術（CyTOF）、多重熒光流式細胞術、多重免疫組織化學/免疫熒光（如mIHC/CyCIF/mIF/CODEX）、蛋白質組、表觀組、代謝組、微生物組、單細胞空間轉錄組、全長轉錄組、全基因組DNA甲基化、cfDNA甲基化、cfDNA、cfRNA等數據

　　四、基礎型數據質控標準

　　1. bulk TCR/BCR測序數據標準：外周血單樣本clonotypes平均值不低于300,000種，組織樣本clonotypes平均值不低于100,000種，單樣本測序量不低于2Gbp （其中有效clonotype的定義為：能夠組裝出的全長氨基酸序列且不包含終止密碼子，具有明確的胚系V和J基因ID信息，同時CDR3區域具有典型的保守序列）。

　　2. bulk RNA-Seq測序標準：DV200不低于50%，檢測覆蓋不低于50M reads。

　　3. WES測序標準：單堿基覆蓋率不低于100X，檢測盒覆蓋不低于32MB。

　　4. 單細胞檢測技術指標：

　　4.1 scRNA-seq：測序指標（有效barcodes不低于75%，有效UMIs不低于75%，RNA read Q30不低于65%）；細胞指標（單個樣本細胞數不少于5000個，平均每個細胞的測序read pairs數大于20000，單個細胞基因中位數大于1000）；

　　4.2 scTCR-seq/scBCR-seq：平均每個細胞所測得的VDJ文庫read pairs數不低于5000，RNA read Q30 不低于75%，有效barcodes不低于75%；細胞指標（3000-80000個細胞/芯片）；

　　4.3 scATAC-seq: 測序指標（測序read pairs不小于25000，有效barcodes不低于75% ，barcode Q30大于65%，read1/2 Q30大于65%，樣本指數的Q30大于90%）；細胞指標（單個樣本細胞數不少于5000個，高質量測序片段大于40%）。

　　五、其他要求

　　1. 申請人須嚴格遵守《中華人民共和國生物安全法》《中華人民共和國人類遺傳資源管理條例》等有關規定，并嚴格遵守醫學倫理和患者知情同意等規范要求。涉及人類遺傳資源研究的項目申請書中應提供所在單位或上級主管單位倫理委員會的審核證明（電子申請書應附掃描件），否則將不予受理。

　　2. 申請人須在申報書和任務書中注明所提供數據是否能達到附件要求的標準，否則不予受理。

　　3. 獲資助項目須按附件要求進行相關科學數據采集，并將原始數據按要求上傳至本計劃指定的數據中心且作為年度考核重要依據。

組織器官再生修復的信息解碼及有序調控重大研究計劃2023年度項目指南

　　一、科學目標

　　本重大研究計劃以組織器官再生修復過程中相關細胞屬性的動態演變及調控網絡為研究切入點，突破研究瓶頸，建立再生醫學研究新范式；創建再生修復研究的新模型、新技術與新方法，解碼再生修復的多維度、多尺度信息，全景式繪制再生修復過程的關鍵細胞與分子調控網絡；闡釋損傷組織器官再生修復障礙的病理基礎與關鍵調控機制；在解碼機制的基礎上，建立促進重要組織和器官再生修復的有序調控與干預新策略。

　　二、核心科學問題

　　組織器官再生修復過程中再生細胞屬性演變及其調控的多維信息解碼，與逆轉再生修復障礙，促進再生的有序調控策略。

　　三、2023年度重點資助研究方向

　　根據本重大研究計劃總體布局，針對再生醫學核心理論、臨床實踐難題和關鍵工程技術，注重采用生物醫學工程、細胞與發育生物學、生物信息學、人工智能、大數據與數學分析等多學科研究思路與技術手段開展交叉研究。2023年度擬資助以下研究方向：

　　（一）組織器官再生修復的新模型、新技術與新方法（重點支持/培育項目）。

　　針對重要組織器官再生及其再生障礙，建立新型體內外組織器官再生模型，發展基于單細胞分辨率的在體實時成像與檢測分析等新技術，建立多尺度、多維度、多層次以及動態采集、整合、分析再生修復過程信息的新技術與新方法；基于交叉學科的新理論與技術，探索實現組織器官再生修復過程關鍵環節多維信息可視化、數字模擬的技術路徑；探究臨床促組織器官再生的治療技術，研究其對再生修復過程的調節作用及生物學機制。

　　（二）組織器官再生修復的多維信息解碼（重點支持/培育項目）。

　　綜合應用多組學、細胞圖譜、功能影像、生物信息學、人工智能等多學科交叉的理論和技術，鑒定再生修復過程中的關鍵功能細胞及其細胞行為，解析功能細胞屬性時空演變，修復組織結構、功能重建過程及調控機制，闡釋組織、器官間協同修復的關鍵機制；探尋生命周期不同階段、不同組織、不同物種間再生修復能力差異與保持的關鍵機制。

　　（三）組織器官再生與結構功能重構障礙的機制（重點支持/培育項目）。

　　研究缺血、炎癥、纖維化等組織微環境因素對組織器官再生修復與功能重建過程的影響和機制；探索免疫、代謝、神經內分泌等系統環境改變與再生修復障礙的關系及機制；建立與優化重要組織器官再生、結構重塑、功能重建障礙的風險評估、預警指標和預測模型。

　　（四）組織器官再生修復的有序調控與干預策略（重點支持/培育項目）。

　　針對組織器官再生調控網絡中的關鍵靶點，基于藥物、干細胞、重編程、基因編輯、類器官等技術，探索經激活內源性再生能力與調控再生微環境促進損傷器官原位再生、結構重塑和功能重建的新策略與新方法；探尋組織工程替代性組織器官的在體修復或結構重塑、功能重建新策略。

　　（五）肝臟再生修復障礙的機制與促再生修復調控干預策略（集成項目）。

　　在研究肝臟再生修復過程中的功能細胞屬性演變，結構重塑、功能重建過程與調控關鍵機制的基礎上，解析嚴重肝臟疾病時器官再生修復障礙的機制，探究臨床應用場景下促進肝臟