1、胃潰瘍
現已發現，膽汁酸由十二指腸回流至胃，在胃貴瘍發病機理中具重要作用。已經證實，膽汁酸可引起胃黏膜損傷，而膽汁酸回流則促使胃發生癌變作用。
正常情況下，胃液中不含膽汁酸，胃酸也不會使膽汁酸發生改變。因此，胃抽取物中總膽汁酸水平的測定可作為診斷十二指腸-胃膽汁回流的一項頗有價值的診斷指標，并可在胃外科手術患者的臨床檢測過程中提供重要信息。
2、小腸污濁綜合征
小腸污濁綜合征的主要特征是小腸細菌過度繁殖引起的腹瀉、脂肪痢、維生素B12吸收障礙。
小腸細菌過度繁殖者，膽汁酸代謝發生顯著變化。膽汁酸的降解率明顯升高，導致小腸抽取物及血清中的非結合膽汁酸水平急劇升高。
3、小腸炎疾病(節段性回腸炎)
節段性回腸炎患者未斷回腸炎癥損傷，膽汁酸代謝隨之發生改變。節段性回腸炎導致回腸黏膜功能喪失，引起膽汁酸吸收障礙及腹瀉，結果使患者大便膽汁酸排出量升高，體內膽汁酸總貯存量減少。
通過測定血清膽汁酸濃度對進餐刺激的反應，人們對節段性回腸炎患者的回腸功能進行了研究。結果表明，餐后血甭膽汁酸水平可作為診斷節段性回腸炎的一項重要指標。
節段性回腸炎患者空腹膽汁酸水平往往保持正常或降至某一水平，但進餐后膽汁酸水平則明顯降低，說明小腸吸收功能下降。
由于節段性回腸炎與肝臟疾病密切相關，因此，如果節段性回腸炎患者血清膽汁酸水平升高，則說明患者可能發生了肝功能損傷。
4、結腸疾病(包括潰瘍性結腸炎、腺瘤性息肉、家族性息肉病、結腸癌等)