有機質譜儀器通常由離子源、質量分析系統、離子收集系統、真空系統、樣品入口系統以及數據系統六個部分組成。早先的儀器如圖所示，有入口系統、離子源、質量分析系統 （即磁鐵構成的磁場） 、真空系統以及離子收集和記錄系統，后者通常是簡單的電位記錄器或示波記錄器。隨著近代質譜儀器的迅猛發展，計算機幾乎無所不能，它不僅取代了落后的記錄方式，而且形成了獨立的數據系統。
