現以Klenow片段標記3'末端為例說明末端標記的方法。
1、材料：待標記的雙鏈含凹缺3'末端的DNA。
2、設備：高速臺式離心機，水浴鍋等。
3、試劑：
(1)3種不含標記的dNTP各為200mmol/L。
(2)合適的限制酶。
(3)[α-32P] dNTP:3000Ci/mmol, 10mCi/ul。
(4)Klenow片段(5U/ml)。
(5)10×末端標記緩沖液:0.5mol/L Tris·Cl (pH7.2), 0.1mol/L MgSO4, 1mmol/L DTT, 500mg/ml BSA。
4、操作步驟：
(1)25μl反應體系中用合適的限制酶酶切1μg的DNA。
(2)按下列成分加入試劑并混勻： 已酶切的DNA 1mg (25ml) 10×末端標記緩沖液 5ml 2mmol/L 3種dNTP 1ml [a-32P]-dNTP 適量 加水至 50ml
(3)加入1單位的Klenow片段,室溫下反應30分鐘。
(4)加入1ml 2mmol/L 第四種核苷酸溶液, 室溫保溫15分鐘。
(5)70℃加熱5分鐘,終止反應。
(6)用酚/氯仿抽提后,用乙醇沉淀來分離標記的DNA,或用Sephdadex G-50柱層析分離標記的DNA。
[注意]
1、利用本方法可對DNA分子量標準進行標記，利用它可定位因片段太小而無法在凝膠中觀察的DNA片段。
2、對DNA的純度不很嚴格，少量制備的質粒也可進行末端標記合成探針。
3、末端標記還有其他的一些方法，如利用T4多核苷酸激酶標記脫磷的5'端突出的DNA和平末端凹缺DNA分子，也可利用該酶進行交換反應標記5'末端。