噬菌體文庫或質粒文庫均對載體與cDNA的連接效率要求很高，也對連接產物轉染或轉化大腸桿菌的效率要求很高。連接效率高低直接關系到文庫構建是否成功，更要注意的是文庫連接與一般的片段克隆的連接不一樣。一般的片段克隆連接是固定長度的載體與固定長度的目的DNA連接，而文庫連接是固定長度的載體與非固定長度的目的DNA連接，目的基因cDNA長的有10kb以上，短的只有500bp或更短。一系列長度不等的cDNA與載體在一起連接的結果，不同長度cDNA的連接效率就不一樣。有的專家的經驗是，根據分級結果，有意識地將長度不同的cDNA群分別與載體連接，再分別轉化或轉染大腸桿菌，分別完成滴度檢測，最后將不同長度級別的文庫混合在一起供雜交篩選。