本系統可應用于以下幾方面。
(1)對遺傳疾病的診治；
(2)開展優生優育的檢查，以保證人口的質量；
(3)開展遺傳病的普查工作；
(4)放射工作人員的劑量估算。
臨床醫學
計劃生育,新生嬰兒遺傳疾病研究,婦幼保健科學,遺傳學,血液科及血液病,腫瘤細胞掃描
繪制基因物理圖譜
· FISH能快速、精確的確定雜交或探針在染色體上的位置和探針與染色體帶、端粒、著絲粒的相互關系
· 間期細胞染色體FISH可確定空間位置
· 緊密相連的探針順序
致突變研究
· 同時檢測染色體結構和數目畸變
· 檢測染色體復雜易位，微小損失
· 快速檢測間期及單倍體細胞染色體斷裂非整倍體和超二倍體
· 檢測微核染色體來源進行微核分析
· 檢測雙著絲粒染色體及無著絲粒染色體等不穩定畸變
· 檢測遺傳物質損傷后的修復
腫瘤病理學
· 直接檢測腫瘤組織染色體數目和結構異常
· 檢測癌基因、抑癌基因、病毒序列的有無及拷貝數無需對分離的腫瘤細胞進行細胞培養
產前診斷
· 直接用孕中期羊水細胞及植入前卵裂球細胞
· 母體外周血分離的胎兒細胞進行分析，無需細胞培養過程，可對間期細胞直接檢測分辨，
而傳統遺傳學檢測手段無法分辨的異常核型
· 同時檢測多種類型的非整倍體發生頻率
· 簡化絨毛細胞