真核生物的基因組DNA以染色質的形式存在。因此，研究蛋白質與DNA在染色質環境下的相互作用是闡明真核生物基因表達機制的基本途徑。
染色質免疫沉淀技術（chromatin immunoprecipitation assay, CHIP )是目前研究體內DNA與蛋白質相互作用的方法。
染色質免疫共沉淀（CHIP）的原理：
是在活細胞狀態下固定蛋白質-DNA復合物，并將其隨機切斷為一定長度范圍內的染色質小片段；
然后通過免疫學方法沉淀此復合體，特異性地富集目的蛋白結合的DNA的片段；
通過對目的片段的純化與檢測，從而獲得蛋白質與DNA相互作用的信息。
染色質免疫共沉淀（CHIP）應用：
檢測體內反式因子與DNA的動態作用
研究組蛋白的各種共價修飾與基因表達的關系
CHIP與基因芯片相結合建立的CHIP-on-chip方法已廣泛用于特定反式因子靶細胞的高通量篩選
CHIP與體內足跡法相結合，用于尋找反式因子的體內結合位點
RNA-CHIP用于研究RNA在基因表達調控中的作用。
CHIPseq獲得全基因組范圍內與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA區段信息