非組蛋白主要是指與特異DNA序列相結合的蛋白質,所以又稱序列特異性DNA結合蛋白（sequence specific DNA binding protein)。利用凝膠延滯實驗（gel retardation assay）,可以在細胞抽提物中進行檢測。首先制備一段帶有放射性標記的已知特異序列的DNA,將要檢測的細胞抽提物與標記DNA混合,進行凝膠電泳。未結合蛋白的自由DNA在凝膠上遷移最快,而與蛋白質結合的DNA遷移慢,一般結合的蛋白質分子越大,DNA分子的延滯現象越明顯,然后通過放射自顯影分析,即可發現一系列DNA帶譜,每條帶分別代表不同的DNA-蛋白質復合物。每條帶相對應的結合蛋白隨后再通過細胞抽提物組分分離方法被進一步分開。