這是一種結合物理圖譜制作和遺傳學分析的基因定位方法，它適用于病毒等基因組較小的生物。以大腸桿菌噬菌體ΦX174為例，把野生型噬菌體的雙鏈復制型DNA分子用限制性內切酶HindⅡ切為13個片段，把每種片段和突變型 amg的DNA單鏈在使DNA分子變性并復性的條件下混合保溫，然后用各個樣品分別轉化受體細菌。如果在某一樣品處理后的受體細菌中出現了大量的野生型噬菌體，于是就說明這一樣品中的HindⅡ片段包含著amg的相應的野生型基因，由于13個HindⅡ片段的位置在物理圖譜中全部都是已知的，因此便可以推知amg基因在染色體上的相應位置。用這一方法在ΦX174的環狀的染色體圖上已經測定了至少19個基因的位置。
根據并發事件的基因定位 位置鄰近的基因表現某些相關的行為，所以從這些行為可以推測基因的連鎖關系。