補償線圈的作用是補償主磁場線圈，使其產生的靜磁場逼近理想均勻磁場。由于精度要求高而且校準工作極其繁瑣，一般是以計算機輔助進行，需要多次測量、多次計算和修正才能達到要求。一般是采取各種形狀的線圈并根據具體情況，通以不同電流，以彌補基礎場的不均勻處。
射頻線圈是用于向人體輻射出指定頻率和一定功率的射頻電磁波，用以激勵器原子核的共振的。這種線圈應和主磁場相互垂直，并且盡可能在人體形成較均勻地射頻場，并使它盡量接近人體以使發射和接收過程具有較高的效率。有的射頻線圈包括發射線圈和接受線圈二部分，也有的收、發兼用。此外，還有頭部接收線圈、肢體線圈，頸線圈、脊椎線圈、眼窩線圈、胸線圈等多種專用的表面線圈，以提高轉換效率和圖像質量。
梯度線圈需要特定的梯度電源。它與專用的梯度線圈嚴格匹配，電源穩定度要求萬分之一。梯度電源和補償電源一般都采用水冷卻。另外，主磁場的逸散磁場對周圍影響很大，主要影響對象是各種磁盤、圖像顯示器、影像增強器和戴起搏器的病人等。外界磁性物體對主磁體均勻度也有影響。