核糖核酸酶保護實驗(Ribonuclease protection assay，RPA)是近十年發展起來的一種全新的mRNA定量分析方法。其基本原理是將標記的特異RNA探針(32P或生物素)與待測的RNA樣品液相雜交，標記的特異RNA探針按堿基互補的原則與目的基因特異性結合，形成雙鏈RNA；未結合的單鏈RNA經RNA酶A或RNA酶T1消化形成寡核糖核酸，而待測目的基因與特異RNA探針結合后形成雙鏈RNA，免受RNA酶的消化，故該方法命名為RNA酶保護實驗。對于32P標記的探針，雜交雙鏈進行變性聚丙酰胺凝膠電泳，用放射自顯影或磷屏成像系統檢測被保護的探針的信號; 對于生物素標記的探針，雜交雙鏈經過變性聚丙酰胺凝膠電泳后電轉移至尼龍膜，采用鏈霉親和素－辣根過氧化物酶（Streptavidin-HRP）和化學發光底物與膜上biotin標記的探針結合，X射線膠片或化學發光圖像分析儀檢測雜交信號。