若雜交的目的是識別靶DNA中的特異核苷酸序列，這需要牽涉到另一項核酸操作的基本技術─探針（probe）的制備。探針是指帶有某些標記物（如放射性同位素32P，熒光物質異硫氰酸熒光素等）的特異性核酸序列片段。若我們設法使一個核酸序列帶上32P，那么它與靶序列互補形成的雜交雙鏈，就會帶有放射性。以適當方法接受來自雜交鏈的放射信號，即可對靶序列DNA的存在及其分子大小加以鑒別。在現代分子生物學實驗中，探針的制備和使用是與分子雜交相輔相成的技術手段。核酸分子雜交作為一項基本技術，已應用于核酸結構與功能研究的各個方面。