實時熒光PCR，即在常規PCR擴增時加入一對引物的同時加入一個特異性的熒光探針，該探針為一寡核苷酸，兩端分別標記一個報告熒光基團和一個淬滅熒光基團。探針完整時，報告基團發射的熒光信號被淬滅基團吸收；剛開始時，探針結合在DNA任意一條單鏈上；PCR擴增時，Taq酶的5'-3'端外切酶活性將探針酶切降解，使報告熒光基團和淬滅熒光基團分離，從而熒光監測系統可接收到熒光信號，即每擴增一條DNA鏈，就有一個熒光分子形成，實現了熒光信號的累積與PCR產物形成完全同步。實時熒光PCR是目前使用最多的核酸檢測方法。 實時熒光PCR技術采用完全閉管熒光檢測，無需電泳，有效地解決了常規PCR的污染問題，還可以定量檢測標本中的病原體，并且操作更簡便、快速，有很高的臨床實用價值。但試劑和儀器設備都比較昂貴，臨床上應根據患者需要加以選擇應用。