核酸檢測一般是通過咽拭子檢測。此為呼吸道傳播疾病，病毒進入人體后，主要通過肺上皮細胞侵入人體，在部分位置繁殖，常見于肺部。但由于取肺部標本較為困難，所以一般用咽拭子標本替代。應用特制棉簽在咽拭子涂抹，在特制的保存液里保存后盡快送至化驗室化驗。如果發現有病毒核酸結構，可認為核酸標本陽性，可作為確定診斷的參考指標。如有流行病學史、臨床表現，再加上咽拭子核酸檢測陽性，即為確診病例，要按照確診病例隔離、治療。但如果咽拭子檢測陰性，有流行病學史和臨床癥狀，還有可能會通過反復檢測咽拭子或去做深部分泌物，做痰檢測或做肺泡灌洗液檢測來進一步排查。
在新的第七版的診療方案里增加了抽血檢測，但抽血檢測不是做核酸檢測，而是做抗體檢測。如果是疑似病例，病程超過一周，抗體為陰性，或兩次核酸檢測均為陰性且抗體為陰性，即可排除新型冠狀病毒肺炎。
咽拭子檢測一般是呼吸道分泌物，血液檢測一般是做抗體檢測，包括IgM抗體和IgG抗體。新型冠狀病毒肺炎的核酸檢測是做咽拭子或呼吸道分泌物或肺泡灌洗液，也可做尿液、糞便核酸檢測，但都不是抽血檢測。