熒光標記適配體或適配體復合物是適配體應用于細胞成像的基礎。流式細胞儀、熒光分光光度計常被用于測定熒光標記適配體與靶細胞結合力的大小，熒光顯微鏡能夠呈現復合物的直觀圖像。
Wang 等基于FISH技術和熒光標記的特異性DNA 適配體構建了綠膿假單胞菌的成像檢測系統。
熒光適配體探針還可以用于細胞內部的顯微成像。Valencia 等基于核糖核酸結合蛋白質及其適配體間的相互作用，實現了大腸桿菌活細胞內細菌 RNA 的成像工作。
