植物中的RNA沉默根據作用靶標可以分為兩類: 以RNA為靶標, 使其降解或抑制蛋白翻譯, 稱為轉錄后基因沉默(post-transcriptional gene silencing, PTGS); 以染色質為靶標, 使其基因啟動子或組蛋白甲基化從而抑制 RNA 轉錄的起始, 稱為轉錄基因沉默(transcriptional gene silencing, TGS).
