還不是很清楚，只是有一些關于核質互作不育的機理假說。
1、質核互補控制假說：認為細胞質不育基因位于線粒體體內。在胞質正常的情況下（N），線粒體DNA可攜帶可育的遺傳信息，經轉錄合成正常的mRNA，繼而在線粒體核糖體上合成各種蛋白質，從而保證雄蕊發育過程中，全部代謝活動正常進行，最終導致形成結構功能正常的花粉。
當線粒體DNA發生變異后，只要核基因中有Rf基因，就可能轉錄出mRNA，合成花粉發育用的蛋白質等，如果核基因rf，因無補償作用而表現為花粉不育。如果N與Rf同時存在，N就起調節基因作用。
2、病毒危害假說：認為造成不育的原因，可能是由于病毒侵害造成的，這種病毒侵染敏感菌株（rfrf）后，不危害2倍體宿主細胞，但卻能殺死單倍體的花粉，而Rf能給予花粉以一種抗性，來抵抗病毒的有害作用。