發病初期先有發熱、無力，隨后體溫增高，并伴有惡心嘔吐、意識障礙、神志不清甚至昏迷等精神癥狀。精神癥狀的輕重、病程長短依原發病而改變。一般講，隨軀體癥狀恢復而日趨好轉，少數可持續1～2年；或隨疾病后遺癥出現而呈慢性期精神癥狀表現。部分患者還常留下嚴重的后遺癥，如癡呆、精神失常、肢體殘疾和癲癇等，病情嚴重者甚至導致死亡。
(1)早期或急性期癥狀：
行為障礙：常有違拗癥、刻板言語及刻板動作、模仿言語及模仿動作、蠟樣屈曲等癥狀。多表現非對稱的不自然姿勢，安靜時不隨意運動消失，一旦精神緊張就出現。癲癇大發作或杰克遜癲癇，此時病人可伴有癲癇性格。
輕度意識障礙：可見各種不同程度(由混濁到昏迷)的意識障礙，如倦怠、嗜睡等。此時定向力不完整。可有運動性興奮等。可遺留有遲鈍、流涎或表現單純性意識障礙。
幻覺妄想狀態：病人呈無欲無力狀態，思維遲鈍或不連貫，表情呆板，動作少而慢。妄想多在幻覺基礎上產生，以成年人多見，而且多在輕度意識障礙時出現。
感知綜合障礙：有些病人有明顯的視物顯大、視物顯小、視物變形以及體形感知綜合障礙。所有這些也是多在意識障礙的基礎上產生的。 言語障礙：表現為不會說話、口吃或拼音不清楚等。一般6個月恢復，少數可持續較長時間。其他：少數病人可出現腦衰弱綜合征。以及失眠、健忘、表情呆板、情感遲鈍或易激惹、注意力渙散等癥狀。
(2)后期或慢性期精神癥狀：
行為異常較明顯：在兒童中多見，表現好動、沖動、喜惡作劇、破壞行為及手足徐動、痙攣性癱瘓等。人格意志意向改變：病人變得幼稚、易沖動、好攻擊人、報復他人、情緒不穩或缺乏克制能力。有的缺乏主動性及應有的情感反應，意志意向活動減弱，孤僻、死板。有的病人變得自私，易記仇。也有的病人表現為行為輕率，變得舉止輕浮，性的意向增強，偷竊、說謊等。成年人多見智能障礙：常是精神發育遲滯的主要原因。在發病初期病情嚴重兒童多見，出現癡呆程度較重且恢復較差。張口反射、強握反射等原始動作也常見。