大多數感染者是無癥狀的，但可長期隨糞便排出包囊。因組織受侵犯而發生的癥狀包括間歇性腹瀉和便秘，胃腸脹氣和痙攣性腹痛。肝區和升結腸區可能有觸痛，大便含有粘液和血。
阿米巴痢疾在熱帶地區常見，但在溫帶地區不常見。其特征為頻繁發作的液狀或半液狀腹瀉，糞中常含有血液，粘液和活的滋養體。腹部體征從輕度觸痛直至伴有高熱和全身中毒癥狀的明顯腹痛。觸痛腫大的肝臟常伴有阿米巴結腸炎。復發之間，癥狀可減輕到反復發生的腹部痙攣和腹瀉或軟便，但虛弱和貧血仍繼續存在。也可能出現亞急性闌尾炎的癥狀，若對這類病人作外科手術可能引致腹膜炎。
慢性感染的癥狀與炎癥性腸病相似，表現為間歇性非痢疾樣腹瀉伴有腹痛，粘液便，腹部脹氣和體重減輕。慢性感染還可在升結腸和盲腸區出現觸痛的可捫及類似于癌腫的塊狀或環狀病變（阿米巴瘤）。
轉移性阿米巴病起源于結腸，可累及任何器官，但肝右葉的單個肝膿腫最為常見。它可發生在以前無癥狀的病人，男性較多見（7:1-9:1），可不知不覺地發展加劇。癥狀包括肝區疼痛或不適，可隨活動而加劇，有時可痛及右肩；間歇熱，出汗，寒戰；惡心，嘔吐，虛弱和體重減輕。黃疸不常見，若有也僅僅是輕度黃疸。膿腫可穿破到膈下間隙，右胸膜腔，右肺和其他附近器官。有時可見滋養體直接感染所致的皮膚病變，好發于肛周和臀部以及外傷或手術的創口。