原生質體是植物或微生物細胞去掉壁以后的內含物。原生質體的制備主要是在高滲壓溶液中加入細胞壁分解酶，將細胞壁剝離，結果剩下由原生質膜包住的類似球狀的原生質體，它保持原細胞的一切活性。
制備原生質體首先需要選擇供融合的兩個親株。要求親株的性能穩定并帶有遺傳標記，一般以營養缺陷型和抗藥性等遺傳性狀為標記，以利于融合子的選擇。為了使菌體細胞易于原生質體化，一般選擇對數期后期的菌體進行酶處理，這個時期細胞正在生長、代謝旺盛，細胞壁對酶解作用最為敏感，原生質體形成率高，再生率也高。
