變應性肉芽腫性血管炎主要應與其他系統性、壞死性血管炎，伴有外周血嗜酸性粒細胞增多的某些疾病以及支氣管哮喘或喘息性支氣管炎鑒別 [3] 。
1.結節性多動脈炎（PAN）。過去曾將變應性肉芽腫性血管炎歸于PAN中，兩者均為系統性、壞死性血管炎，都有廣泛組織和器官受累，病理表現也有相同之處。但PAN無哮喘及變態反應疾病表現，外周血嗜酸性粒細胞不增多，嗜酸性粒細胞浸潤組織少見，兩者鑒別并不困難。PAN與變應性肉芽腫性血管炎受損靶器官也不一致，變應性肉芽腫性血管炎常影響外周神經和心臟，雖然腎小球腎炎也較常見，但病情較輕，很少如PAN一樣出現腎衰竭。PAN很少侵犯肺和皮膚，而變應性肉芽腫性血管炎常見。另外，PAN經常與乙型肝炎病毒感染有關。
2.肉芽腫性血管炎（韋格納肉芽腫）。盡管該病與變應性肉芽腫性血管炎靶器官相似，但兩者臨床及病理表現有一定差異，可資鑒別。也有兩者可重疊，此時鑒別困難。韋格納肉芽腫與變應性肉芽腫性血管炎均易侵犯呼吸系統，但肉芽腫性血管炎往往形成破壞性損害，諸如鼻黏膜形成潰瘍、肺內結節并出現空洞等，變應性肉芽腫性血管炎肺受累程度則較肉芽腫性血管炎輕，表現為變應性鼻炎、鼻息肉病、肺內一過性浸潤等。兩者X線表現也不相同。變應性肉芽腫性血管炎病人皮膚病變常見，達70%，而肉芽腫性血管炎僅13%，變應性肉芽腫性血管炎易侵犯心臟，肉芽腫性血管炎則少見，變應性肉芽腫性血管炎病人極少有腎衰竭表現，但肉芽腫性血管炎常見，變應性肉芽腫性血管炎預后也較肉芽腫性血管炎好，對糖皮質激素反應良好，肉芽腫性血管炎往往需要加用免疫抑制藥。
3.高嗜酸性粒細胞綜合征。高嗜酸性粒細胞綜合征與變應性肉芽腫性血管炎有許多相同之處，兩者都為系統性疾病，伴有外周血嗜酸性粒細胞增高以及嗜酸性粒細胞浸潤組織，都可表現為Liffler綜合征、嗜酸性粒細胞性胃腸炎等繼發改變。但高嗜酸性粒細胞綜合征外周血嗜酸性粒細胞計數要比變應性肉芽腫性血管炎高。高嗜酸性粒細胞綜合征常可伴有彌漫性中樞神經系統損害、肝脾及全身淋巴結腫大、血栓性栓塞以及血小板減少癥，而變應性肉芽腫性血管炎少見。高嗜酸性粒細胞綜合征極少形成血管炎和肉芽腫。兩者對皮質激素反應也不一樣，高嗜酸性粒細胞綜合征反應較差。
4.慢性嗜酸性粒細胞性肺炎。本病女性好發，特點為外周血嗜酸性粒細胞增高，伴肺內持續性浸潤，分布于肺邊緣，與變應性肉芽腫性血管炎一過性肺浸潤有明顯區別。慢性嗜酸性粒細胞性肺炎病人也常有特異性體質，部分病人表現為哮喘或變應性鼻炎。本病若反復發作，組織學變化可與變應性肉芽腫性血管炎相似，表現為廣泛的嗜酸性粒細胞浸潤及小血管炎，甚至可見肉芽腫，此時病人往往對糖皮質激素反應良好。