人類
防止污染、控制繁殖和食用前徹底加熱殺滅病原菌是預防變形桿菌食物中毒的三個主要環節。發現中毒后要立即停止食用懷疑被變形桿菌污染的食品，注意食品的貯藏衛生和個人衛生，防止食品污染。
對于本病的高發地區可用敏感藥物進行預防，并最好注射用分離菌株制備的滅活菌苗。由于該菌對氟哌酸、青霉素、鏈霉素、慶大霉素、氯霉素、氨芐青霉素、先鋒霉素等都具有較高的敏感性，特別是其中的氟哌酸、慶大霉素、氨芐青霉素、氯霉素等在實際工作中都曾取得較好的治療效果。
奇異變形桿菌廣泛存在于人和動物腸道、水及土壤小。因此，應引起對經營者加強食品衛生法的教育，加強從業人員知識的培訓和生產環節中的衛生監督監測工作，從而保證人民的身體健康。
動物
籠舍用消毒靈、周邊環境用漂白粉徹底消毒，清掃工具專用。無癥狀表現者口服氟哌酸預防。病情較輕、仍有食欲者，肌肉注射丁胺卡那霉素、安絡血、維生素B，口服氟哌酸、補液鹽。病情較重、無食欲者，用平衡液或5%糖鹽水稀釋靜脈輸入丁胺卡那霉素、止血芳酸，另加營養液（10%葡萄糖溶液、5%氨基酸、能量合劑等），輔肝輔腎藥（肌苷、肝泰樂等）以及維生素C、地塞米松等，糾正酸中毒用5%碳酸氫鈉，強心用安鈉咖，補液量視體重和脫水情況而定，一般按30-50ml/kg補給。