噬菌體在宿主細胞中生長繁殖，能夠引起致病菌的裂解，降低致病菌的密度，從而減少或避免致病菌感染或發病的機會，達到治療和預防疾病的目的，即噬菌體療法¨“。此療法已廣泛應用于獸醫、農業和食品微生物學等領域。
（1）噬菌體療法在畜牧業中的應用
國內養殖業尤其是養雞業常常受到畜禽腸道腹瀉病的困擾，此病主要是由大腸桿菌、沙門氏菌等致病微生物引起。隨著耐藥性細菌的大量出現，用具有專一性強、不易產生抗性等優點的相關噬菌體來治療細菌疾病受到重視。Smith和Barrow等利用噬菌體療法可以降低羊羔、仔豬和雛雞患大腸桿菌腸道疾病的機率。
（2）噬菌體療法在水產養殖中的應用
爆發性疾病的頻繁發生給水產養殖業造成巨大的經濟損失，細菌性疾病噬菌體療法在水產養殖業具有良好的應用前景。Park等在治療Pseudomonas plecoghssicida等病菌引起的細菌性血型腹水感染時，通過喂食含噬菌體的食物可以有效清除致病細菌。 [2]
（3）噬菌體療法在治療人類疾病中的應用
噬菌體療法首先在人類疾病治療中得到應用。1921年，Bruynoghe和Maisin率先用噬菌體制劑治療葡萄球菌引起的皮膚感染。此后噬菌體廣泛應用于耳喉科、口腔科、眼科、皮膚科、兒科及肺部疾病等的治療。隨著抗生素的出現，噬菌體療法被漸漸忽視。Kutter 等報道噬菌體療法治療或預防人類疾病具有極大的潛力，指出通過實踐和試驗等方法最終使噬菌體療法商業化是避免此療法被忽視的關鍵。
隨著細菌抗生素耐藥性的廣泛存在，在許多領域使用噬菌體控制致病菌的生長和擴增。噬菌體治療能夠避免腸道菌群失衡，保持機體的正常免疫力，被認為是替代抗生素的一種安全、有效和有潛力的微生態制劑忸。