奈韋拉平是肝細胞色素P450代謝酶（CYP3A，CYP2B）的誘導劑，其它主要由CYP3A，CYP2B代謝的藥物在與本藥合用時，奈韋拉平可以降低這些藥物血漿濃度。因此，如果一個患者正在接受由CYP3A或CYP2B代謝的藥物的一個穩定劑量的治療，若開始合用本藥，前者藥物劑量需要調整。
核甘類逆轉錄酶抑制劑：當奈韋拉平與疊氮胸苷（zidovudine），去羥肌苷（didanosine）或扎西他濱（zalcitabine）合用時，不需調整這些藥物的劑量。從兩組以疊氮胸苷（zidovudine）治療為背景治療的研究中（n=33），可得到疊氮胸苷（zidovudine）的綜合數據，其中HⅣ-1感染的患者單獨接受奈韋拉平（400 mg/天） 治療，或奈韋拉平合用去羥肌苷（200-300 mg/天） ，或奈韋拉平合用扎西他濱（0.375-0.75 mg/天）的治療，試驗結果奈韋拉平對疊氮胸苷藥-時曲線下面積（AUC）的下降無顯著作用，為13% ；對疊氮胸苷Cmax上升無顯著作用，為5.8%。疊氮胸苷對奈韋拉平的藥動學無影響。另一交叉研究表明奈韋拉平對去羥肌苷（n=18）或扎西他濱（n=8）的穩態藥代動力學均無影響。
對25例HⅣ感染的患者，應用奈韋拉平、奈非那韋（70 mg tid) 和司他夫定（30-40 mg bid）治療36天的臨床試驗結果顯示，司他夫定的AUC或Cmax無統計學顯著變化。另外，對90名接受拉米夫定加奈韋拉平和另一組是奈韋拉平加安慰劑治療的患者進行人群藥代動力學研究，結果顯示拉米夫定表觀清除率和分布容積無改變。這表明奈韋拉平對拉米夫定的清除無影響。
蛋白酶抑制劑：以下試驗中，本藥用藥方法按照200 mg，每日1次，共2周。之后，200 mg，每日2次，共28天。
沙奎那韋：一項臨床試驗（31例）中，HⅣ感染的患者服用奈韋拉平和沙奎那韋（硬膠囊600 mg，每日3次）。結果表明二者合用導致沙奎那韋AUC平均下降24%（P=0.041），但奈韋拉平血漿濃度無明顯變化。由于相互作用，導致沙奎那韋AUC下降，可能進一步引起沙奎那韋血漿濃度下降，兩者相互作用的臨床意義尚不清楚。聯合用藥不影響奈韋拉平的藥代動力學。
利托那韋：當本藥與利托那韋合用時，不需調整劑量。臨床試驗（n=25）表明，HⅣ感染患者同時接受奈韋拉平和利托那韋（600 mg，每日2次，采用劑量漸增的用藥方案）治療，兩者血漿濃度均無明顯變化。
茚地那韋：臨床試驗（n=25）表明HⅣ感染患者接受奈韋拉平和茚地那韋 （800 mg，8小時一次） 治療，茚地那韋AUC平均下降28% (P<0.01），而奈韋拉平血漿濃度無明顯變化。對于奈韋拉平和茚地那韋合用的潛在相互影響，還沒有肯定的臨床結論。奈韋拉平與茚地那韋合用時，當奈韋拉平劑量為200 mg，每日2次時，茚地那韋劑量可考慮增加到1000 mg，每8小時一次。但是，目前尚無資料顯示給予茚地那韋1000 mg，每8小時一次，加奈韋拉平200 mg，每日2次與茚地那韋800 mg，每8小時一次，加奈韋拉平200 mg，每日2次，兩方案的短期或長期抗病毒作用有何不同。
奈非那韋：一項36天的臨床試驗（n=25）表明，應用本藥，奈非那韋（75 mg，每日3次）和d4T （30-40 mg，每日2次） 的HⅣ感染患者，在合用本藥后，奈非那韋的藥代動力學參數沒有統計學上顯著變化 (AUC+4%，Cmax+14%和Cmin～2%）。與以前的資料相比，奈韋拉平的藥物水平無變化。
當本藥與任何蛋白酶抑制劑合用時，尚無安全性降低的報道。
酮康唑（Ketoconazole) ：奈韋拉平200 mg，每日2次，和酮康唑400 mg，每日1次合用時，有關酮康唑藥代動力學參數明顯降低 (AUC平均下降63%，Cmax平均下降40%）。同一試驗中，與以前的資料相比，酮康唑可使奈韋拉平的血漿水平上升15～28%。因此，酮康唑和奈韋拉平不應合并用藥。奈韋拉平對伊曲康唑 (itraconazole）的影響尚不清楚。雖然尚無藥物相互作用的試驗，但從腎臟排泄的抗真菌藥物（如氟康唑）可代替酮康唑。
CYP同功酶誘導劑 ：在一個開放性研究中（n=14），本藥對利福平的穩態藥代動力學參數cmax和AUC無顯著影響。相反，同以前的資料相比，利福平可顯著降低奈韋拉平的AUC（～58%）、cmax（～50%）和cmin（～68%）。當奈韋拉平和利福平合用時，目前尚無足夠的資料對所需劑量調整進行評估。
利福布丁：奈韋拉平200 mg bid，合用利福布丁 300 mg qd（如果患者同時接受ZDV或蛋白酶抑制劑治療，利福布丁150 mg qd），結果顯示利福布丁的濃度沒有顯著變化（AUC平均升高12%，cminss平均下降3%），cmaxss顯著增高（20%）。活性代謝產物25-O-desacetyl-利福布丁的濃度沒有顯著變化。在同樣的研究中，同以前資料相比，利福布丁可使奈韋拉平的系統清除率有明顯的增高（9%）。這些變化無重要臨床意義。同時服用奈韋拉平和利福布丁是安全的，不需要調整劑量。
不推薦患者同時服用本藥和St. John wort或含St. John wort的產品，因為有報告顯示St. John wort和其它抗病毒藥物之間有相互作用。服用St. Johnwort的同時服用非核甘逆轉錄酶抑制劑，包括奈韋拉平，可降低非核甘逆轉錄酶抑制劑的濃度，可能影響本藥的藥效而失去抗病毒作用，并可使病毒產生對奈韋拉平或其它非核甘類逆轉錄酶抑制劑的耐藥性。
CYP同功酶抑制劑：奈韋拉平和克拉霉素的藥物相互作用研究結果表明，藥物合用時，克拉霉素的AUC（～30%）、 cmax（～21%）和cmin（～46%）顯著降低，而克拉霉素的活性代謝物14-OH克拉霉素的AUC（58%）和cmax（62%）顯著升高。奈韋拉平的cmin（28%）顯著升高，AUC（26%）和cmax（24%）非顯著性升高。這些結果提示當兩藥合用時，兩藥的劑量不需調整。
對參加本藥臨床試驗患者的亞人群分析中，接受甲氰米胍（cimetidine，n=13）治療的患者，奈韋拉平的穩態谷值血漿濃度上升（7%）。
口服避孕藥：奈韋拉平200 mg bid，與單劑量含有0.035 mg乙炔基雌二醇（EE）和1.0 mg炔諾酮（Ortho-Novum 1/35）的口服避孕藥同時服用時，與以前單獨服用奈韋拉平血漿濃度比較，服用28天奈韋拉平后，17a-EE的AUC顯著下降（29%）。EE的平均殘留期和半衰期顯著縮短。炔諾酮的平均AUC顯著降低（18%），平均殘留期和半衰期沒有改變。如果合并應用奈韋拉平，口服避孕藥的劑量能夠調整到對除避孕以外的適應癥治療（如子宮內膜異位癥）。但如果合用含有雌激素/孕酮的口服避孕藥，很可能避孕失敗。對正在服用奈韋拉平的有可能妊娠的婦女，建議使用其它方式避孕（如藥具避孕）。患者口服避孕藥用以調節激素水平時，若合服奈韋拉平，應對前者進行監測。
其他資料：利用人的肝細胞微粒體的體外研究表明，奈韋拉平羥化代謝產物的形成不受氨苯砜（dapsone）、利福布丁、 利福平和三甲氧芐二氨嘧啶/磺胺甲基異惡唑的影響。酮康唑和紅霉素可明顯抑制奈韋拉平羥化代謝產物的形成，尚無相關的臨床試驗。
應注意到，當與本藥合用時，作為CYP3A和CYP2B6的底物的藥物的血漿濃度可下降。基于對美沙酮代謝機制的了解，奈韋拉平可通過增加肝代謝而可能降低美沙酮的血漿濃度。據報道，同時應用本藥和美沙酮治療的患者曾出現戒斷綜合征。因此，美沙酮維持給藥的病人合用本藥時，建議仔細觀察戒斷綜合征徵象并對美沙酮的劑量進行相應的調整。