1、子宮發育不全、閉經或月經過少繼發性或原發性卵巢功能過低所致雌激素分泌不足可影響子宮、外生殖器及第二性征的正常發育，妊馬雌酮與孕激素序貫應用可產生類似青春期的生理變化。
2、更年期綜合征婦女進入更年時期，卵巢功能逐漸減退，垂體和卵巢之間的激素平衡失調，雌激素分泌減少，而垂體促性腺激素增加。多數人通過適應性調整逐漸達到新的功能平衡，但少數人可產生一系列自主神經系統功能紊亂，出現失調癥狀如面頰潮紅、頭痛、畏寒、惡心、失眠、健忘、心悸、煩躁以及嚴重精神失常等，稱為更年期綜合征。補充妊馬雌酮可改善癥狀，對于因雌激素不足引起的老年性陰道炎及女陰干枯癥，局部用藥也能奏效。
3、功能性子宮出血某些婦女因妊馬雌酮水平較低，子宮內膜創面修復不良所引起的子宮持續性少量出血，應用雌激素類藥物能促進子宮內膜增生，修復出血創面。可使因妊馬雌酮水平波動而發生的不規則子宮出血停止。還能減少因卵巢功能低下，子宮內膜萎縮或增生不良所致的出血。
4、乳房脹痛（回奶）停止授乳時的乳房脹痛，用較大劑量妊馬雌酮即能消除。
5、前列腺癌一般認為前列腺癌的發生可能與雄激素的作用有關，大劑量妊馬雌酮通過抑制垂體促性腺激素分泌，導致睪丸萎縮和雄激素產生減少。此外，也能對抗雄激素的作用，因而可治療前列腺癌。
6、骨質疏松絕經后和老年性骨質疏松癥用妊馬雌酮治療，可減少骨質吸收，防止骨折發生。
7、痤瘡（粉刺）多見于青春期的男女，是雄激素刺激皮脂腺活動，引起皮脂腺堵塞和繼發性感染所致。妊馬雌酮類藥物能抑制雄激素分泌，并對抗雄激素作用，故有治療作用。