家族性高脂蛋白血癥Ⅱb型（FCH）的發病機制尚不十分清楚，目前認為可能與以下幾方面有關：
載脂蛋白（apolipoprotein，Apo）B產生過多
多數學者發現家族性高脂蛋白血癥Ⅱb型（FCH）患者伴有Apo B合成過多，因而VLDL的合成是增加的。這可能是FCH的主要發病機制之一。但是，目前對于FCH患者體內Apo B過多產生的確切分子基礎尚不清楚。
了解Apo B合成和分泌的細胞內過程，可能有助于弄清Apo B過多產生的基礎。Apo B蛋白質有兩種形式：一種Apo B48（分子量為250kD），它是乳糜微粒的結構蛋白；另一種是B100（分子量為512kD），是VLDL、IDL和LDL的結構蛋白，主要是由肝臟合成。兩種Apo B是同一基因產物。
Apo B分泌調節機制尚未完全闡明。在HepG-2細胞中，Apo B是與膽固醇一起同在粗面內質網中合成。富含膽固醇的新生VLDL被轉運到粗面內質網。三酰甘油也是在粗面內質網合成。在這里三酰甘油與VLDL組合成為成熟的VLDL。然后經高爾基體分泌出來。細胞內Apo B存在于兩種功能不同的池：一個位于粗面內質網的膜上，屬于退化通道；另一個位于內質網的腔內，參與VLDL的合成。Apo B的分泌受蛋白質修飾的影響。有人認為，在FCH時Apo B過多產生由于肝細胞內的Apo B調節機制障礙所致，引起含Apo B顆粒過多地分泌。此外，小腸合成Apo B的速率在FCH的發病中也起重要作用。
但是，也有人認為，血漿中Apo B水平升高可能與其基因異常有關。已知Apo B基因具有多態性，了解Apo B基因多態性與血漿Apo B水平升高之間的關系，對認識FCH的發病可能有幫助。Rauh等研究了FCH病人和正常血脂對照者的3種Apo B基因限制片段多態性（XbaI、MspI、EcoRI），結果顯示受試者間這3種等位的頻率無差別。所以，認為Apo B突變既不是FCH的原發病因，也不會引起血漿Apo B水平改變。