臨床癥狀主要包括上腹痛、腹脹、早飽、噯氣、厭食、燒心反酸、惡心和嘔吐，病程多在2年左右，癥狀可反復發作，也可在相當一段時間內無癥狀。或發病時以某一癥狀為主，也可有多個癥狀的疊加。引起或加重病情的誘因說不清。功能性消化不良分為4型：運動障礙型；反流型；潰瘍型；非特異型。
1.運動障礙型消化不良
此型以腹脹、早飽、噯氣為主。癥狀多在進食后加重。過飽時會出現腹痛、惡心甚至嘔吐。胃動力學檢查50%～60%患兒存在胃近端和遠端收縮和舒張障礙。
2.反流型消化不良
突出的表現是胸骨后痛，燒心，反流。內鏡檢查未發現食管炎。但24h小時酸堿度監測可發現部分患兒有胃食管酸反流。對于無酸反流者出現此類癥狀，認為與食管對酸敏感性增加有關。
3.潰瘍型消化不良
其表現與十二指腸潰瘍特點相同，夜間痛，饑餓痛，進食或服抗酸藥能緩解，可伴有反酸，少數患兒伴燒心，癥狀呈慢性周期性。內鏡檢查未發現潰瘍和糜爛性炎癥。
4.非特異型消化不良
臨床表現不能歸入上述類型者，常合并腸易激綜合征。
除了反流型消化不良，其他幾種分類并無重要的臨床意義，許多患兒并不止歸入一個亞型，對患兒治療的指導意義不大。