三大臨床特點為彌漫性慢性阻塞性肺病、胰腺功能不全及汗液中鈉、氯濃度較正常高3～5倍。
1.呼吸道表現
90%以上的患者有上下呼吸道反復慢性感染，包括慢性支氣管炎、肺不張及反復肺炎。可伴膿胸、慢性鼻竇炎及支氣管擴張。感染病菌以銅綠假單胞菌和金葡菌多見。
年齡大的患兒可有晨起及活動后咳嗽加重，黏痰多為膿性。一些患兒可長期沒有癥狀或只表現為長期的急性呼吸道感染。毛細支氣管炎常伴有喘息，1歲以內最常見，可出現咳嗽、持續或陣發性喘鳴音及呼吸快速。肺病變進展或反復加重時，咳嗽持續，痰多、黏稠不易咳出，氣短以及生長發育落后。由于反復感染、發熱、睡眠不安及食欲減退，患兒日益消瘦。最終可發生肺源性心臟病，因呼吸衰竭引起死亡。
鼻黏膜炎癥、水腫以及鼻息肉可造成鼻塞和流涕。急性鼻竇炎不常見，鼻息肉常見于5～20歲的患者。
查體可見桶狀胸、削肩、肋間及鎖骨上凹陷、杵狀指（趾）、唇及指甲發紺、呼吸急促。聽診有喘鳴音及干、濕啰音。由于近年來患兒存活率提高及存活年齡增長，氣胸及咯血較過去多見。咯血系支氣管肺動脈分流形成動脈瘤破裂所致。
2.消化道表現
新生兒CF中，15%～20%發生胎糞性腸梗阻和腹膜炎，表現為腹脹、嘔吐和胎便排出延遲。多數患兒有胰腺功能不全癥狀。患兒食欲很好，雖然攝取足量的奶及輔食，體重仍不增長，且常因饑餓而哭鬧。大便次數多、量大，呈顯著脂肪瀉，有臭味。四肢消瘦與脹大的腹呈鮮明對比。常反復直腸脫垂。新生兒CF患兒可出現淤膽性黃疸伴肝功能低下，年長患兒可發生肝硬化、門脈高壓及脾功能亢進。可發生致命性胃腸道出血，胰腺外分泌不足及吸收不良的繼發現象如低蛋白血癥、水腫、營養不良性貧血、生長發育遲緩、脂溶性維生素缺乏癥、低脂血癥及低膽固醇血癥。
3.其他
有2%～3%的患者出現有癥狀的膽管硬化，表現為黃疸、腹水、食管靜脈曲張引起嘔血以及脾功能亢進。除了胰腺外分泌腺功能不足外，還可以有高血糖、糖尿、多尿及體重減輕。性腺發育延遲，平均延遲2年。大約95%的男性因Wolffian管不發育而有無精子癥。腹股溝疝、陰囊積水及睪丸未降的發生率高于正常人。女性可有宮頸炎。幼兒可因出汗失鹽過多，皮膚上出現“鹽霜”或皮膚有異味。這種患兒可表現為低氯性堿中毒。