Hp的確切致病機制尚不清楚，除了細菌的毒力因素外，宿主的免疫反應，環境的影響，也起著一定的作用。近年的研究發現Hp的致病機制有賴于細菌的毒力(定植)因素和致病因素，Hp的螺旋形和能動性，具有適應性酶和蛋白以及黏附于細胞和黏膜的能力，使其能在胃腔內生存其分泌的毒素和誘導的炎性介質，直接破壞胃黏膜屏障，導致胃黏膜損傷。
1、毒力因素
在毒力因素中動力是Hp定植在胃黏液表面最基本的一個因素，在Hp菌體的一端存在著2～6根鞭毛使Hp具有能動性，穿透黏液層。Hp產生的一種特殊黏附素，可將Hp黏附至胃或十二指腸胃化生的上皮細胞上，引起這些細胞表面變形，細胞骨架改變。Hp對胃黏膜的黏附是防止細菌在食物運送過程中和持續流動的黏液層中喪失以維持其感染所必需。鑒于Hp只特異地定植在胃組織，故推測胃上皮細胞表面有特異的受體存在。如lewisb血型抗原等。
尿素酶是Hp最主要的定植因子，Hp合成的尿素酶量很大，尿素酶分解尿素產生的氨可以中和鹽酸，這種一過性的低酸和高pH使細菌能夠順利穿過胃黏液層到達黏膜表面，并在此堿性微環境中定植和生存；同時尿素酶產生的氨增多時對胃黏膜也有毒性作用。
2、致病因素在致病因素中細胞毒素的作用為大家所關注。成人中報道60%Hp菌株兒童40%～70%Hp菌株發現有細胞毒素相關基因A(cytotoxin associated geneA，cagA)，此基因編碼一個120～140kD的蛋白(細胞毒素相關蛋白A，cagA)，cagA蛋白在消化性潰瘍及中重度胃炎患者中有非常高的檢出率，cagA無細胞空泡活性，但它卻與細胞空泡毒素的表達相關。細胞空泡毒素(vaculating cytotoxin，vacA)由vacA基因編碼，最早由Leunk等人發現，Hp的培養液含有一種物質，用該菌的培養濾液與不同的細胞一同培養，可造成部分細胞如Hela細胞空泡樣變性，故稱之為細胞空泡毒素，vacA在pH＜6至pH 1.5時強烈被激活在pH 2.0時對胃蛋白酶有極強烈的抵抗力，通過幽門排到腸管在活化的vacA在未被腸內一些蛋白酶消化前，即引起十二指腸上皮細胞的空泡形成，于是在十二指腸缺乏Hp存在的條件下導致十二指腸潰瘍，從而形成了十二指腸潰瘍形成機制的漏屋假說(leaking roof hypothesis)。針對部分胃十二指腸疾病患兒做cagAvacA檢測及Hp的毒力基因分析，其結果也與文獻報道相符，在Hp感染的胃炎患兒血清中68.18%可測及CagA抗體，但在十二指腸潰瘍患兒68.96%可同時測及cagA與vacA，更說明vacA與小兒消化性潰瘍產生有關。