1.優生優育
（1）孕婦在孕中期感染HCMV，容易致胎兒畸形。若HCMV特異性抗IgM檢測陽性，或特異性IgG升高4倍，或特異性低親和力IgG陽性，懷疑孕婦近期感染巨細胞病毒，則有必要采集孕婦羊水進行HCMV的PCR檢測，以明確是否有感染。
（2）通過檢測孕婦尿液中的HCMV DNA含量預測HCMV傳播給胎兒的風險性。
（3）檢測母乳中的HCMV DNA含量，有利于及時防止通過乳汁傳播給嬰兒。
2.器官移植患者、免疫缺陷患者、抗腫瘤治療中HCMV感染的監測
器官移植后因為免疫抑制劑的使用，免疫缺陷患者和惡性腫瘤患者抗腫瘤治療造成免疫系統的損傷，一旦感染HCMV，則可出現嚴重的后果，導致治療失敗，甚至患者死亡。對這些患者進行HCMV感染的監測，有助于臨床制定相應的治療措施，避免嚴重后果的產生。
3.抗病毒治療藥物療效的監測
對血液HCMV進行定量檢測，有助于HCMV感染者進行抗病毒藥物治療后的療效監測。
4.早期診斷和鑒別診斷
采用實時熒光PCR法檢測HCMV，有助于HCMV感染的早期診斷，并可用于與其他病原體所致疾病如病毒性肝炎等的鑒別診斷。
5.病因學研究
可用于死胎、畸胎、流產、低體重兒、嬰兒肝炎綜合征的病因學研究。
6.鑒別潛伏感染和激活感染
實時熒光PCR定量檢測可以根據HCMV DNA含量的多少來鑒別潛伏感染和激活感染，對指導臨床抗病毒治療和檢測骨髓移植患者HCMV感染等有重要意義。