巴西芽生菌病多發生在中年人，男多于女。皮膚及黏膜損傷是本病的誘發因素。當身體抵抗力減弱而又有病原菌入侵時，不但局部發生病變，且可很快侵入淋巴和血液循環，引起內臟器官的病變。口腔黏膜是常見的最先被感染的部位，其次是肺部，近位淋巴結可腫大。根據臨床癥狀的不同將其分為皮膚黏膜型、肺型和播散型。
皮膚黏膜巴西芽生菌病
病原菌常由口腔黏膜或皮膚進入人體，病損開始時多在齒齦、口腔、上顎、咽喉、鼻腔、口唇和舌部。皮膚損害多由黏膜損害蔓延而來，或是來源于內臟血行播散，或由表淺淋巴結潰破引起皮膚穿破，形成潰瘍。多發生于面部，以口周和鼻部常見。
初發黏膜的損害是丘疹或水皰，繼而形成潰瘍，表面覆蓋白色滲出物，基底部有出血點。當病變侵入深部時，可破壞會厭、腭垂、軟腭而引起穿孔，產生疼痛。口咽部受累可致吞咽困難。口唇受累可致局部發生硬性水腫。牙齦受累可破壞組織而引起牙齒脫落。病變初期附近淋巴結即腫大，尤其是頸部淋巴結，可發硬，但不疼痛，繼而局部可發生壞死、化膿、穿破皮膚而形成瘺管。
肺型巴西芽生菌病
肺部感染多為原發性的，原發性肺部感染多由吸入孢子引起。大部分患者無癥狀或亞臨床癥狀，可自愈。少部分出現乏力、發熱、咳嗽、痰中帶血絲、胸痛和呼吸困難。胸部X線檢查損害常位于肺的下野，多為雙側。損害可呈結節狀、浸潤性或條紋狀。結節可以分散，也可融合。浸潤可以局限，也可彌散。并常有廣泛的纖維化，約1/3的病例可形成空洞。一般肺部病變未見有鈣化現象，胸膜也很少受累。
播散型巴西芽生菌病
原發感染經血行播散至肝、脾、小腸以及泌尿生殖系統、中樞神經系統和肌肉、骨骼、臟器，引起肉芽腫和化膿性結節，全身淋巴結亦可受累腫大。根據累及臟器的不同，臨床表現多樣。病情發展較快，多見于青少年患者。腸道感染多由消化道傳播，病變多在回盲部，腸道可有廣泛的潰瘍，伴有腹痛，惡心、嘔吐、肝脾大、腹水，腹腔內淋巴結可以腫大，由此而易被誤認為結核或腫瘤。病變擴散時可累及胃、胰、肛門等處。如果全身淋巴結腫大，常易誤診為霍奇金病。病情發展時，病變可擴散至中樞神經系統、泌尿生殖系統和肌肉、軟骨等處。當腎上腺皮質被累及時，出現艾迪生病的一系列臨床癥狀。