1、磺胺藥
自1940年始，磺胺藥便用于治療巴西芽生菌病。早期報道顯示 60%以上的病人治療成功。磺胺嘧啶的用法為每6小時給藥1次，成人每天的總量為3～5g，兒童0.2g/kg。也可選磺胺甲氧嗪（長效磺胺）每12小時1次，成人每天總量為1g。治療應至少持續3年，過早中止治療可致治療失敗和對磺胺藥耐藥。復發率約為15%。治療失敗的病人中耐藥率為20%～30%。病人對磺胺藥的耐受性較好。少數病人有結晶尿和血尿，可通過增加水的攝入或飲用重碳酸鹽水來減少這一副作用。其他不良反應還有白細胞減少、皮疹、發熱、光敏反應和胃腸道反應等。磺胺類藥可治療輕、中度和播散型感染，在兩性霉素B控制病情后維持治療，與甲氧嘧啶聯合效果更佳。
2、兩性霉素B
對副球孢子菌十分有效。可用作嚴重病例的初始治療，在臨床改善后可改用吡咯類抗真菌藥物和磺胺類藥物。AMB從靜脈途徑每天給藥，劑量為0.25～1.2mg/（kg·d），用至累計劑量1.5g，以后改用3年磺胺類藥物或使用常規劑量的吡咯類藥物。
3、酮康唑
在體外，副球孢子菌對酮康唑高度敏感，最小抑菌濃度為0.008μg/ml。自1978年起，酮康唑已用于治療巴西芽生菌病并取得了較好的療效。但由于其毒性作用較多，目前僅作為備選藥物。連續用藥1年的臨床治愈率達90%以上，復發率低于10%。對于復發的病人可再用該藥治療。酮康唑的用法為：每天200～400mg，口服，療程1年。胃酸降低或同時服用利福平的病人易致治療失敗。
4、伊曲康唑
伊曲康唑自1982年始用于治療巴西芽生菌病。100mg/d口服，連用6個月，對93%以上的病人有效。該藥應餐后服用。副作用較少見。
5、氟康唑
氟康唑的用法為400mg/d，至少用數月。該藥的療效可能不如伊 曲康唑，僅用于腎臟或中樞神經系統受累的病人。
6、外科手術
早期局限的皮膚黏膜損害可切除或電灼。口腔、喉頭和氣管的纖維性狹窄或腦部的肉芽腫須采取手術治療。
除細胞免疫恢復外，治愈標準包括停止治療2年后無癥狀；胸部X線檢查陰性；血清學陰性。