新生兒腹膜炎以嘔吐為突出癥狀，腹痛反而不明顯。原發性腹膜炎常見高熱不退，同時感染中毒癥狀較重，表現煩躁、反應呆鈍、面色蒼白等，嘔吐、腹脹等。繼發性腹膜炎發病可急可緩，除上述癥狀外，可見原發病的表現。
1.彌漫性腹膜炎
表現為：①嘔吐膽汁或糞汁，因為存在腸麻痹，多嘔吐頻繁；②腹脹明顯，且進行性加重，腹壁發亮、色澤紫、水腫，有時水腫可達陰囊和陰唇，腹壁靜脈怒張。③肛門停止排氣排便，或少量黏液凍樣糞便排出。④因腹肌不發達，新生兒反應能力差多無腹膜刺激征；有時可觸及硬塊；叩診鼓音，并有移動性濁音；聽診腸鳴音減弱或消失。⑤由于腹脹多伴有呼吸急促或呼吸困難。⑥全身情況差，有脫水、高熱等。
2.局限性腹膜炎
表現為：①全身情況尚好，可有發熱；②腹部局限性膨隆；③觸診局部包塊，有壓痛，因腸內容不斷進入囊腫，故包塊可進行性增大，如破潰則全身情況嚴重。
3.無癥狀型
部分患兒會突然發生腸梗阻現象。梗阻原因可能是粘連的纖維化索帶或鈣化塊壓迫腸管，或者是在粘連的基礎上由于飲食不當造成腸功能紊亂導致。新生兒往往表現為不明原因的腸梗阻。