本病臨床表現各種各樣，差異很大，不但有皮膚癥狀，而且有些還可有全身癥狀。可局限于皮膚為孤立性或彌漫性損害，也可伴有肝、脾、骨髓等內臟系統損害。大部分有不同程度的癢感，但多甚輕微，泛發型嚴重者全身癥狀明顯，有皮膚潮紅、惡心、嘔吐、腹痛、心動過速、暈厥、甚至休克等。這些情況僅發生于一小部分患者，即所謂“肥大細胞綜合征”，往往誤診為“類癌綜合征”。有時僅有內臟損害而無皮損，病程可良性，也可惡性。
在皮疹表現方面，各型有所不同：
(一)良性皮膚型肥大細胞增生病
1.單發性皮膚肥大細胞增生病
又名單發性肥大細胞瘤或肥大細胞痣。約占本組疾病的10%，主要見于嬰兒，生下即出現皮疹，或出生后1個月內發疹，僅少數病例發生于幼兒和成人。皮疹可發生于任何部位，但以上肢多見，常為單個，偶可有數個。為卵圓形，直徑1～5cm的斑塊或結節，境界清楚，粉紅色至淡褐色，稍隆起于皮面，表面光滑，或如橘皮。質硬似橡皮。皮疹在受刺激后或不明原因地突然腫脹或呈風團狀，變為鮮紅色，甚至有大皰形成，偶為血皰。損害有時可引起面部或全身皮膚潮紅或腸絞痛，皮損破潰后如無繼發感染，能迅速愈合。
2.泛發性(播散性)皮膚肥大細胞增生病
典型者即為常見的色素性蕁麻疹。皮疹多少不一，但廣泛散布于全身。主要見于四肢、軀干，也可侵犯其它部位或粘膜，可伴有輕度癢感，但一般無自覺癥狀，也不影響健康，皮疹表現為色素性斑丘疹。在斑丘疹上劃痕或摩擦能引起風團。斑丘疹多為圓形或卵圓形，也可為不規則形的斑丘疹或結節狀，偶有水皰。一般境界均清楚。皮疹大多數出現于出生后3～9個月，但也有見于初生兒或較大兒童，成年人也不少見。
3.持久性發疹性斑狀毛細血管擴張
簡稱TMEP型，比較少見，皮疹通常多見于軀干，特別是胸部，為較小的伴有毛細血管擴張的紅斑，色素較少。此型往往伴有骨骼損害。患者多為青年。
4.彌漫性皮膚肥大細胞增生病
不常見，是由彌漫性肥大細胞浸潤所致。皮膚表面發黃，肥厚、柔軟或光滑，或有苔蘚化小丘疹。在皮膚皺折部位特別在腋窩及腹股溝部皮疹加重，如彈性假黃瘤狀。自覺常有劇癢，且為全身性。由于搔抓刺激，故常伴有大皰，但也能自發水皰。此型既可發生于嬰兒，也能見于成年。發生于嬰兒者可能有肝脾腫大，故預后不好。此型如伴有彌漫性潮紅，則又稱之為紅皮癥型。
5.大皰性肥大細胞增生病
系指無斑疹、丘疹、結節或色素損害而只有水皰者。如在色系性皮疹基礎上出現皰疹時，則稱之為大皰型色素性蕁麻疹。
(二)系統型肥大細胞增生病
指不僅有皮膚變化，而且有肝、脾、骨骼或淋巴結病變。肝、脾腫大，活檢示有大量肥大細胞浸潤，可導致肝纖維化。骨損害較多見，放射學檢查可見骨質疏松和骨硬化，可彌漫性或局限性。有時放射學檢查無改變，但活檢顯示骨有肥大細胞浸潤。淋巴結等組織內可有肥大細胞浸潤。此型既能發生于兒童，也能見于成年，但發生于兒童并有肝、脾腫大者預后較差。這一型的血液中一般不能發現有不成熟的肥大細胞，但全身癥狀比較明顯。
(三)無皮疹或內臟型肥大細胞增生病
僅在尸檢或內臟活檢者，方能獲得證明，常見者為脾肥大細胞增生病。因無皮疹，故不詳述。
(四)惡性肥大細胞增生病
又名白血病性肥大細胞增生病。有報告極少數系統型肥大細胞增生病的患者，其皮膚組織內肥大細胞增生性浸潤，與良性者雖然無大區別，但是在骨髓中肥大細胞明顯增多，并進入血循環，因此又稱為白血病性肥大細胞增生病。此種病人往往預后不好。其皮膚呈象牙黃色，浸潤肥厚，表面可以光滑，也可有顆粒狀丘疹，或呈苔蘚樣變。這些皮疹可能僅見于腋窩及腹股溝部位，甚似彈性纖維性假黃瘤，常常有瘙癢。皮膚劃痕癥常為陽性。故對這類患者，特別是兒童，要注意檢查周圍血液，有無異常的肥大細胞。
預后：本病的預后與病程很大程度上取決于本病發病年齡及其類型，在兒童發生單個損害的肥大細胞增生病者通常在數年內消退，一般10歲左右即自愈。也有持續到成年而不退的，而少數患者還可發生廣泛皮疹。幼兒發生的廣泛性色素性蕁麻疹預后最好，一半以亡病例在少年時期皮疹自行消退，后來發病的預后稍差一些，成人則很少自退，但呈良性，僅極少數病例惡變。出現水皰并不影響預后。少數病人不論是嬰兒或兒童發病者均可發展為系統性病變，但僅極少數病例發生死亡。