普通變形桿菌廣泛存在于泥土和污水及人、畜糞便中，為條件致病菌，當機體抵抗力下降時，可引起尿路感染、呼吸道感染、腹膜炎、胃腸炎(潛伏期3～20h，起病急驟．惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉，腹瀉為水樣，帶散液、惡臭．無膿血，一日數次至十余次)等各種感染。奇異變形桿菌還可以引起嬰幼兒腸炎，潘氏變形可引起醫源感染，產粘變形桿菌尚無引起人類感染的報告。
普通變形桿菌除常在創傷中呈混合感染外，又常引起中耳炎，尿路感染，在腸內繁殖旺盛時可引起輕度腹瀉。吃下受此菌污染的食物會發生食物中毒。在嚴重創傷感染中此菌可能侵入血流發生敗血癥，死亡率較高。
普通變形桿菌能大量分解蛋白質，普遍地存在于含有有機物質的土壤與水內，特別在陰溝污物中為多，正常糞便中為數不多，但腸道功能失常時可大量出現。普通變形桿菌在自然情況下不引起特別的感染，但在膀胱炎、嬰兒腹瀉、化膿性病灶及腹膜炎等的單純或混合感染時可分離出此菌。據統計，約6～13%泌尿道的感染中有變形桿菌發現。普通變形桿菌引起肺炎較為少見，多見之于嬰兒，偶見之于較大兒童，發病與機體的抵抗力低下有關，患者常存在變形桿菌的病灶感染，如中耳炎、竇炎等。
發病緩急不定，嬰兒常有腸道感染的前驅病癥，呈現為嘔吐腹瀉等急性消化不良癥狀。其引起肺炎的途徑也可和大腸桿菌肺炎時相似，可經腸壁淋巴組織或血行至肺而引起肺的病變，臨床常見呈支氣管肺炎樣病變，癥狀沉重，體溫上升前常有畏寒、輕度寒戰、煩躁不安、面色蒼白等現象。體溫可升達39~40℃，有明顯的咳嗽、氣促、咳往往頻劇而呈刺激性，常誘起吐乳，鼻翼扇動，呼吸喘促，兩肺常密布濕性羅音或哮鳴音。病兒常常有細支氣管的攣縮和堵塞的癥狀和體征，呼吸困難有時非常嚴重而突出，全身中毒癥狀也較嚴重，食欲缺乏，幼嬰拒乳，煩躁不安，興奮性增高，甚至發生驚厥，也可發生嗜睡和昏迷。與呼吸道癥狀出現的同時，有時胃腸道的癥狀也很明顯，嘔吐、腹瀉增劇，大便常呈黃色泡沫性且含有粘液，便次可達十次以上而引起失液與酸中毒及電解質失衡。由于肺部嚴重的炎癥而引起了二氧化碳的排出受阻與氧輸入的減少。病兒常存在呼趿性酸中毒和缺氧，面色受紺，幼嬰更易發生喘憋現象。由于頻劇的咳嗽，病兒的痰液中偶可發現血絲，為支氣管粘膜破損所致。在病的極期中，常在尿中發現蛋白及管型。周圍血象中，白細胞升高，一般在20，000至30，000左右，偶可更高；中性細胞亦明顯升高，常達80%左右。可因休克、昏迷而死亡，也有心率突增200次/分左右的，極度呼吸困難，嚴重發紺，肝臟迅速增大，由于充血性心力衰竭而死亡