CE具有多種分離模式（多種分離介質和原理），故具有多種功能，因此其應用十分廣泛，通常能配成溶液或懸浮溶液的樣品（除揮發性和不溶物外）均能用CE進行分離和分析，小到無機離子，大到生物大分子和超分子，甚至整個細胞都可進行分離檢測。它廣泛應用于生命科學、醫藥科學、臨床醫學、分子生物學、法庭與偵 破鑒定、化學、環境、海關、農學、生產過程監控、產品質檢以及單細胞和單分子分析等領域。
熒光檢測器
目前，CE分析技術被藥物分析工作者在藥品檢驗領域迅速推廣應用。藥物分析大致可以分為兩部分：一、原藥的定量、原藥中雜質的測定、藥劑分析以及對它們穩定性的評價等以藥品質量管理為目的的測定方法。這些方法要求有良好的選擇性、適當的分析靈敏度和可靠的準確度等；二、對進入人體內的藥物或代謝物的吸收、分布、代謝、排泄等體內動態的研究，即臨床藥物分析。這兩部分的測定一般需要分離和檢測手段相結合。