氨肽酶在自然界中分布較廣泛，不同來源的氨肽酶在表達量和底物特異性上存在著較大的差別。有關動物組織和植物來源的氨肽酶的報道已屢見不鮮，但從動植物中提取氨肽酶步驟較復雜、成本較高，因此從動植物中提取相關氨肽酶一般主要用于酶學性質的表征和相關疾病的診斷。與動植物產酶相比，微生物產酶量更高，提取步驟更簡單，生產成本更低，市場上的氨肽酶產品基本都是利用微生物發酵生產。
雖然產氨肽酶的微生物種類較多，但大多數菌種由于產酶能力低或者存在安全隱患等原因并不適合大規模生產氨肽酶。報道的能用于氨肽酶工業生產的野生菌種主要有曲霉菌、芽孢桿菌和乳酸菌。2003 年 Basten 等從 Aspergillus niger 中分離提純了一種新型苯丙氨酸氨肽酶，它能有效水解氨基末端為芳基側鏈的氨基酸殘基，其中以水解苯丙氨酸殘基能力最強。2004 年 Murai 等從溫泉土壤中篩選到了一株能產脯氨酸氨肽酶的 Aneurinibacillus thermoaerophilus，該菌所產的氨肽酶與其它內切蛋白酶協同作用能有效降解富含脯氨酸的膠原蛋白質，在蛋白質加工和水解產物脫苦方面中有一定的應用潛力。雖然國際已有氨肽酶產品出售，但有關微生物發酵產氨肽酶的產量的報道卻比較少。臺灣學者 Lin SJ 等人進行的 Aspergillus oryzae LL1 大罐發酵的研究結果顯示，在5 L、20 L、250 L、2000 L 發酵罐中發酵產氨肽酶的水平分別能達到 0.22、0.16、0.19、0.12 LAP·mL-1。有關商品酶的資料顯示，諾維信和天野公司生產的商品氨肽酶活性分別為 1200 LAP·g-1和 500 LAP·g-1。江南大學谷海先、趙光鰲等通過 N+注入誘變選育氨肽酶高產 A. oryzae，并對發酵條件進行了初步優化，使產酶水平提高了 77.5%。Junichiro 等將來源于地衣芽孢桿菌的氨肽酶在枯草芽孢桿菌表達體系中實現了分泌表達，其產量達到 9U·mL-1 。