至于本病的潛伏期。Young 等對自然感染HPS 的病例進行潛伏期的測定，他們對來自美國30 個州200 例患者中的11 例進行細致再檢查和分析，包括對接觸的嚙齒類動物進行病毒分離等。最后認為HPS 的潛伏期是9～33 天，平均14～17 天。本病病程分為叁期，即前驅期、呼吸衰竭期和恢復期。患者發病多急驟，發病之初有前驅癥狀，如畏冷、發熱、肌痛、頭痛、乏力等中毒癥狀。亦可伴有惡心、嘔吐、腹瀉、腹痛等胃腸癥狀。發熱一般為38～40℃，以上癥狀持續短者12h，長者數日，多數2～3 天后迅速出現咳嗽、氣促和呼吸窘迫而進入呼吸衰竭期，此期為非心源性肺水腫。
體檢：可見呼吸增快，常達20～28 次/min 以上，心率增快，達120 次/min，肺部可聞及粗大或細小濕啰音，少數患者出現胸腔積液或心包積液。重癥患者可出現低血壓、休克、心力衰竭以及竇性心動過緩或竇性心動過速等心律失常。僅少數患者發現瞼結膜充血、球結膜水腫、皮膚黏膜出血點或出血斑。
由辛諾柏病毒、紐約病毒和紐約1 型病毒所引起者一般沒有腎損害。而由長沼病毒和黑港渠病毒所引起者則伴有腎損害，因而可以出現少尿。一般呼吸衰竭持續1 周左右，能渡過呼吸衰竭期的患者逐漸進入恢復期，此時呼吸平穩，缺氧糾正，惟少數患者仍可見持續低熱，體力尚有段時間恢復。但亦有部分患者無肺綜合征表現。Kitsutani 等報告5 例急性辛諾柏病毒感染者，有特征性前驅癥狀，但沒有嚴重的肺部表現。因而認為需要擴大此類患者的監視。