體外試驗顯示，醋酸卡泊芬凈對于細胞色素P450(CYP)系統中的任何一種酶都不抑制。在臨床研究中，卡泊芬凈不會誘導改變其它藥物經CYP3A4代謝。卡泊芬凈不是P-糖蛋白的底物。對細胞色素P450而言，卡泊芬凈是一種不良的底物。
在兩項臨床研究中發現，環孢霉素(4mg/kg一次給藥或3mg/kg兩次給藥)能使卡泊芬凈的AUC增加大約35%。AUC增加可能是由于肝臟減少了對卡泊芬凈的攝取所致。注射用醋酸卡泊芬凈不會使環孢霉素的血漿濃度升高。當注射用醋酸卡泊芬凈與環孢霉素同時使用時，會出現肝酶ALT和AST水平的一過性升高。在一項40名患者使用本品和環孢霉素1至290天不等（平均17.5天）的回顧性研究中，沒有發現嚴重的肝臟不良事件（見注意事項）。
在成人健康受試者中進行的臨床研究顯示，注射用醋酸卡泊芬凈的藥代動力學不受伊曲康唑、兩性霉素B、麥考酚酸鹽、奈非那韋或他克莫司的影響。本品對伊曲康唑、兩性霉素B、利福平或有活性的麥考酚酸鹽代謝產物的藥代動力學也無影響。
注射用醋酸卡泊芬凈能使他克莫司(FK-506)的12小時血濃度(C12hr)改為下標(C12hr)下降26%。對于同時接受這兩種藥物治療的病人，建議對他克莫司的血濃度進行標準的檢測，同時適當地調整他克莫司的劑量。
兩項藥物相互作用的臨床研究顯示利福平既誘導又抑制卡泊芬凈的消除，穩態顯示凈誘導作用。在其中一項研究中，同一天開始給予利福平和卡泊芬凈合用14天。在第二項研究中，單獨給予利福平14天使其誘導作用達到穩態，然后再給予利福平和卡泊芬凈合用14天。當利福平的誘導作用達到穩態時，卡泊芬凈AUC或輸注末濃度變化很小，但卡泊芬凈谷濃度減少了約30%。利福平的抑制作用表現在當同一天開始使用利福平和卡泊芬凈時，卡泊芬凈血漿濃度在第一天有短暫的升高（AUC升高約60%）。當卡泊芬凈加至已進行的利福平治療中，沒有發現這種抑制作用，卡泊芬凈的濃度沒有升高。另外，成人群體藥代動力學檢查的結果提示，當本品與其他藥物清除誘導劑（依非韋倫、奈韋拉平、苯妥英、地塞米松或卡馬西平）同時使用時，可能使卡泊芬凈的濃度產生有臨床意義的下降。目前取得的數據顯示在卡泊芬凈消除中的可誘導藥物清除機理更象一種攝取轉運過程，而不是代謝。因此，當注射用醋酸卡泊芬凈與藥物清除誘導劑如依非韋倫、 奈韋拉平、利福平、地塞米松、苯妥英或卡馬西平同時使用時，應考慮給予注射用醋酸卡泊芬凈每日70mg的劑量 (見用法用量)。
在兒童患者中，藥代學數據的回歸分析結果顯示，聯合使用地塞米松和本品可引起卡泊芬凈谷濃度有臨床意義的下降。這個結果提示兒童患者在誘導劑作用下的下降和成人類似。在兒童患者中，當本品和藥物清除誘導劑，如利福平、依非韋倫、奈韋拉平、苯妥英、地塞米松或卡馬西平聯合使用時，注射用醋酸卡泊芬凈的日劑量可調整到70mg/m（日實際劑量不超過70mg）。