按蛋白酶水解蛋白質的方式可分為以下幾種。
（1）切開蛋白質分子內部肽鍵,生成相對分子質量較小的多肽類,這類酶一般叫內肽酶；
（2）切開蛋白質或多肽分子氨基或羧基末端的肽鍵,而游離出氨基酸,這類酶叫外肽酶。作用于氨基末端的稱為氨肽酶,作用于羧基末端的稱為羧肽酶；
（3）水解蛋白質或多肽的脂鍵；
（4）水解蛋白質或多肽的酰氨鍵。
按酶的來源可以分為動物蛋白酶、植物蛋白酶、微生物蛋白酶。
微生物蛋白酶又可分為細菌蛋白酶、霉菌蛋白酶、酵母蛋白酶和放線菌蛋白酶。
按蛋白酶作用的最適 pH 可以分為 pH2.5-5.0 的酸性蛋白酶、pH9.5-10.5 的堿性蛋白酶、pH7-8 的中性蛋白酶。為了方便起見,微生物蛋白酶常用這種分類方法；根據蛋白酶的活性中心和最適反應 pH 可以分為絲氨酸蛋白酶、巰基蛋白酶、金屬蛋白酶和活性中心有兩個羧基的酸性蛋白酶。